对于大于x大于3倍（按组）的值的连续行计算“平均值”

Question

这是我的df（data.frame）：

group1  group2   value
chr1     a        1 
chr1     a        1
chr1     a        1
chr1     b        2.2
chr1     b        2.5 
chr1     b        2.5
chr1     b        2.8
chr2     c        3.1
chr2     c        -3.2
chr2     c        -3.7
chr2     c        -3.1
chr2     d        4

对于属于同一组2和组1的“值”列中的值，如果有3个以上的连续值大于2或小于-2，则将计算这些值的平均值，否则将保留原始值。] >

输出应为：

group1  group2   value      mean
chr1     a        1          1 # does not change because it's smaller than 2
chr1     a        1          1
chr1     a        1          1
chr1     b        2.2        2.5 # mean of 2.2, 2.5, 2.5, 2.8
chr1     b        2.5        2.5 # mean of 2.2, 2.5, 2.5, 2.8
chr1     b        2.5        2.5 # mean of 2.2, 2.5, 2.5, 2.8
chr1     b        2.8        2.5 # mean of 2.2, 2.5, 2.5, 2.8
chr2     c        3.1        3.1 # not used for mean calculation above (different group)
chr2     c        -3.2       -3.3 # mean of -3.2, -3.7, -3.1
chr2     c        -3.7       -3.3 # mean of -3.2, -3.7, -3.1
chr2     c        -3.1       -3.3 # mean of -3.2, -3.7, -3.1
chr2     d        4          4
R或Perl更好。任何帮助表示赞赏！

这是我的df（data.frame）：group1 group2值chr1 a 1 chr1 a 1 chr1 a 1 chr1 b 2.2 chr1 b 2.5 chr1 b 2.5 chr1 b 2 ....

Answer 1

使用末尾注释中可重复显示的DF，使用data.table中的rleid创建一个分组变量。否则不使用data.table。然后创建一个使用问题规则的均值函数。最后，将平均数应用于每个成分value的g。