如何读取 2 列文件并将每一列作为 GNU parallel 的成对输入传递

Question

我在文件中的目录中有一个配对文件列表（使用

paste

）

cat list.files.r12.txt | head -n3
./ID1_L2_R1_001.fastq.gz    ./ID1_L2_R2_001.fastq.gz
./ID2_L3_R1_001.fastq.gz    ./ID2_L3_R2_001.fastq.gz
./ID3_L2_R1_001.fastq.gz    ./ID3_L2_R2_001.fastq.gz

你可以看到这对在R1和R2之间。

这只是为了测试，因为这将被传递给另一个命令。下面的命令只是逐行粘贴。

parallel -j 1 "echo {}" ::::  <(cat list.files.r12.txt | head -n3)

这个复制文件

parallel -j 1 "echo {} {}" ::::  <(cat list.files.r12.txt | head -n3)

这行不通：

parallel -j 1 "echo {1} {2}" ::::  <(cat list.files.r12.txt | head -n3)

基本上，我想要的是

list.files.r12.txt

文件的每一行都可以并行执行。这是所需的输出：

program ... ./ID1_L2_R1_001.fastq.gz ./ID1_L2_R2_001.fastq.gz
program ... ./ID2_L2_R1_001.fastq.gz ./ID2_L2_R2_001.fastq.gz
program ... ./ID3_L2_R1_001.fastq.gz ./ID3_L2_R2_001.fastq.gz

Answer 1

cat list.files.r12.txt | head -n3 |
   parallel --colsep '\t' echo

cat list.files.r12.txt | head -n3 |
   parallel --colsep '\t' echo one:{1} two:{2}

当你有配对结束阅读时，你通常可以做：

parallel --plus echo read:{} paired:{/_R1_/_R2_/} ::: *__R1_*

这样可以避免粘贴。