如何在source（）和R文件时传递命令行参数

Question

在一个R文件中，我计划获取另一个支持读取两个命令行参数的R文件。这听起来像是一个琐事任务，但我无法在网上找到解决方案。任何帮助表示赞赏。

Answer 1

我假设源脚本使用commandArgs访问命令行参数？如果是这样，您可以在父脚本中覆盖commandArgs，以便在您要采购的脚本中调用它时所需的内容。要了解这将如何工作：

file_to_source.R

print(commandArgs())

main_script.R

commandArgs <- function(...) 1:3
source('file_to_source.R')

输出[1] 1 2 3

如果您的主脚本本身不接受任何命令行参数，您也可以只为此脚本提供参数。

Answer 2

最简单的解决方案是用source()和system()替换paste。尝试

arg1 <- 1
arg2 <- 2
system(paste("Rscript file_to_source.R", arg1, arg2))

Answer 3

如果您有一个脚本来源另一个脚本，您可以在第一个脚本中定义可以由源脚本使用的变量。

> tmpfile <- tempfile()
> cat("print(a)", file=tmpfile)
> a <- 5
> source(tmpfile)
[1] 5

Answer 4

@Matthew Plourde答案的扩展版本。我通常做的是使用if语句检查命令行参数是否已定义，否则读取它们。

另外，我尝试使用argparse库来读取命令行参数，因为它提供了更整洁的语法和更好的文档。

要采购的文件

 if (!exists("args")) {
         suppressPackageStartupMessages(library("argparse"))
         parser <- ArgumentParser()
         parser$add_argument("-a", "--arg1", type="character", defalt="a",
               help="First parameter [default %(defult)s]")
         parser$add_argument("-b", "--arg2", type="character", defalt="b",
               help="Second parameter [default %(defult)s]")
         args <- parser$parse_args()
 }

文件调用源（）

args$arg1 = "c" 
args$arg2 = "d"
source ("file_to_be_sourced.R")
print (args)

c，d