在 python 中将数据帧转换为海龟格式

Question

我是 rdf 和三元组的新手，我正在寻找一种在三元组存储中加载一些三元组的方法。我有一个包含以下列的数据框。

    mesh_code                               skos_rel                                       MDR_code
0   <http://id.nlm.nih.gov/mesh/D000012>    <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#exactMatch>    <https://identifiers.org/meddra:10083851>
1   <http://id.nlm.nih.gov/mesh/D000026>    <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#exactMatch>    <https://identifiers.org/meddra:10062935>
2   <http://id.nlm.nih.gov/mesh/D000030>    <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#exactMatch>    <https://identifiers.org/meddra:10000230>
3   <http://id.nlm.nih.gov/mesh/D000038>    <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#exactMatch>    <https://identifiers.org/meddra:10000269>
4   <http://id.nlm.nih.gov/mesh/D015823>    <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#exactMatch>    <https://identifiers.org/meddra:10069408>

有没有办法将此数据框转换为海龟格式，可以将其加载到像 Blazegraph 这样的三元组存储中。

非常感谢任何帮助。

Answer 1

试试这个库：

pip install rdfpandas

然后运行：

from rdfpandas.graph import to_graph
import pandas as pd
import rdflib

df = pd.read_csv('to_graph_test.csv', index_col = '@id', keep_default_na = False)
namespace_manager = NamespaceManager(Graph())
namespace_manager.bind('skos', SKOS)
namespace_manager.bind('rdfpandas', Namespace('http://github.com/cadmiumkitty/rdfpandas/'))

g = to_graph(df, namespace_manager)
s = g.serialize(format = 'turtle')

在此处查看文档：https://github.com/cadmiumkitty/rdfpandas