如何在奇点容器中使用 conda 安装软件包

Question

我有以下定义文件，直到最后都效果很好：

Bootstrap: docker
From: ubuntu:20.04

%post
  apt-get -y update
  apt-get -y upgrade
  DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
  apt-get -y install default-jre
  apt-get -y --no-install-recommends install wget git zlib1g-dev curl openssh-client tar gzip ca-ce\
rtificates build-essential cmake


  #Install Mamba
  readonly mamba_installer="Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
  readonly mamba_version="4.10.3-4"
  readonly mamba_prefix="/opt/mamba"
  wget "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/download/${mamba_version}/${mamba_install\
er}"
  bash "${mamba_installer}" -b -p "${mamba_prefix}"
  rm "${mamba_installer}"
  export PATH="/opt/mamba/bin:$PATH"

  PATH=$PATH:/bbmap/
  mamba config --add channels defaults
  mamba config --add channels conda-forge
  mamba config --add channels bioconda

  mamba create -y -n blee python=3.6 pip
  mamba init
  . /opt/mamba/etc/profile.d/mamba.sh
  . activate blee
  #mamba install --yes -c conda-forge -c bioconda medaka openblas==0.3.3 spoa racon minimap2

但是当谈到最后一行时，是时候从环境中安装东西了，它似乎使用的是 python 3.9 而不是它应该使用的：python3.6

我错过了什么？

Answer 1

您的

mamba install

命令需要一个

-n

标志来包含您的环境名称，以便它相应地安装软件包（例如，使用您的

create env

命令指定的 python 版本。

将 mamba 安装命令更改为：

mamba install -n blee --yes -c conda-forge -c bioconda medaka openblas==0.3.3 spoa racon minimap2

应该可以。