在Sagemaker Jupyter笔记本实例上安装RODBC或ODBC时出错

Question

我一直在尝试从Sagemaker Jupyter Notebook实例建立与Teradata的连接。我试图通过R Studio来实现。但是，无论何时我尝试在实例中安装软件包，都会收到非零的退出状态错误。

我尝试安装以下方式：

remotes::install_github() 

或

devtools::install_github()

以及：

install.packages('odbc', repo="https://cran.rstudio.com/")

我尝试过使用RODBC进行相同的操作，并且收到相同的警告或错误。

关于如何解决这个问题的任何想法？

提前感谢。

更新：如果我运行以下代码行：

devtools::install_github("r-dbi/odbc")`

我收到以下错误（这只是摘录）：

Error: Failed to install 'odbc' from GitHub:
  System command error, exit status: 1, stdout + stderr (last 10 lines):
E> ** testing if installed package can be loaded from temporary location
E> Error: package or namespace load failed for ‘odbc’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
E>  unable to load shared object '/tmp/RtmpBuMhbW/Rinst32846cdd20a9/00LOCK-odbc/00new/odbc/libs/odbc.so':
E>   libodbc.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
E> Error: loading failed
E> Execution halted
E> ERROR: loading failed
E> * removing ‘/tmp/RtmpBuMhbW/Rinst32846cdd20a9/odbc’
E>       -----------------------------------
E> ERROR: package installation failed
Traceback:

Answer 1

好吧，在阅读了AWS / Sagemaker / Conda / R文档数小时后，我得出的结论是，我不知道如何解释这种现象。

尽管如此，我已经找到了解决方法！

因此，我们知道如何通过Jupyter终端或直接从ipynb文件中的单元安装软件包。但是，如果您尝试像在终端机或python内核中那样在R内核中运行这些命令，则会遇到错误。

而且，对于某些在终端中甚至在python内核上安装它的人，可能只是使conda在其他环境中安装了该软件包。是的，事实证明您的Jupyter实例上有几个环境。

所以，要讲到重点，就像我说的那样，您将使用conda install命令，而不是pip，sudo或yum命令。

让您的生活更轻松。 Anywasy这是您需要在R内核单元上运行的代码，如果install.packages和install_github无法正常工作，则需要将软件包直接安装到正确的环境中：

system(command = 'conda install -c r packageName --yes')

示例：

system(command = 'conda install -c r tidyverse --yes')

就这样。之后，您可以调用library（）并照常继续执行R工作流程。

希望对大家有帮助！