ggtree 尖端和树枝着色的问题

Question

我正在尝试使用 ggtree 绘制绘图 - 但是当我尝试将尖端点和分支着色时遇到一些问题。树独立地与这两个一起工作，但是当我一起尝试它们时，节点的

fill

被分支中的

color

参数覆盖，并且它们显示为灰色（或者它一起忽略它们并默认为相同的

NA

颜色？）。

这是产生该问题所需的最少代码：

p <- ggtree(rerooted_tree, aes(color = support))
p <- p %<+% my_DF + 
  geom_tippoint(aes(fill = as.factor(domains.present)))
p

变量

domains.present

是数据框中的一个字符列，如果它是

color

而不是像下面的代码中那样的

fill

，则可以完美工作。但是，在上面的代码中，如果

domains.present

未在

as.factor

中写入

aes

，我会收到一条错误消息，指出

Continuous value supplied to discrete scale

。

q <- ggtree(rerooted_tree)
q <- q %<+% All.my_DF + 
  geom_tippoint(aes(color = domains.present), size = 1)
q

我希望这只是一个语法问题，但我正在努力将一个 reprex 放在一起以在需要时添加。这是一个与this post非常相似的问题，但是那里的OP没有使用ggtree解决了这个问题（如果可能的话，我宁愿保持简单）。预先感谢您！

Answer 1

我最近遇到了同样的问题，在 aes() 之外定义分支颜色对我有用：

p <- ggtree(rerooted_tree, color = support)
p <- p %<+% my_DF + 
  geom_tippoint(aes(fill = as.factor(domains.present)))
p

Answer 2

这是一篇旧帖子，但对于那些也偶然发现此线程寻找答案的人来说，请尝试一下 ggnewscale。在此示例中，用途为：

library(ggnewscale)  
p <- ggtree(rerooted_tree, aes(color = support))
p <- p %<+% my_DF + new_scale_color() +
geom_tippoint(aes(fill = as.factor(domains.present)))
p