我是 paramiko 新用户,在使用 paramiko 在远程服务器上运行命令时遇到困难。我想导出一个路径并在后台运行一个名为
tophat
的程序。我可以使用 paramiko.sshclient()
正常登录,但我的 exec_command
代码没有结果。
stdin, stdout, sterr = ssh.exec_command('export PATH=$PATH:/proj/genome/programs
/tophat-1.3.0/bin:/proj/genome/programs/cufflinks-1.0.3/bin:/proj/genome/programs/
bowtie-0.12.7:/proj/genome/programs/samtools-0.1.16')
stdin, stdout, sterr = ssh.exec_command('nohup tophat -o /output/path/directory -I
10000 -p 8 --microexon-search -r 50 /proj/genome/programs/bowtie-0.12.7/indexes
/ce9 /input/path/1 /input/path/2 &')
没有
nohup.out
文件,Python 只是转到下一行,没有错误消息。我也尝试过不使用nohup
,结果是一样的。我试图遵循这个 paramiko 教程。
我是否错误地使用了
exec_command
?
我也遇到了同样的问题,在查看了这篇文章和这个答案之后,我发现解决方案是调用 Channel 的
recv_exit_status()
方法。这是我的代码:
import paramiko
import time
cli = paramiko.client.SSHClient()
cli.set_missing_host_key_policy(paramiko.client.AutoAddPolicy())
cli.connect(hostname="10.66.171.100", username="mapping")
stdin_, stdout_, stderr_ = cli.exec_command("ls -l ~")
# time.sleep(2) # Previously, I had to sleep for some time.
stdout_.channel.recv_exit_status()
lines = stdout_.readlines()
for line in lines:
print line
cli.close()
现在我的代码将被阻止,直到远程命令完成。这个方法的解释这里,请注意警告。
exec_command()是非阻塞的,它只是将命令发送到服务器,然后Python将运行以下代码。
我认为你应该等待命令执行结束,然后再做剩下的工作。
“time.sleep(10)”可以帮助需要“导入时间”。 一些示例表明您可以从 stdout ChannelFile 对象读取,或者简单地使用 stdout.readlines(),它似乎读取来自服务器的所有响应,我猜这可能会有所帮助。
你的代码,上面两行exec_command,它们实际上是在不同的exec会话中运行。我不确定这对您的情况是否有影响。
我建议你看一下 demos 文件夹中的演示,他们使用 Channel 类,该类具有更好的 API 来为 shell 和 exec 执行阻塞/非阻塞发送。
您最好在运行命令之前加载 bash_profile。否则,您可能会收到“未找到命令”异常。
例如,我写命令
command = 'mysqldump -uu -pp -h1.1.1.1 -P999 table > table.sql'
是为了转储Mysql表
然后我必须在转储命令之前手动加载 bash_profile,方法是输入
. ~/.profile; .~/.bash_profile;
。
my_command = 'mysqldump -uu -pp -h1.1.1.1 -P999 table > table.sql;'
pre_command = """
. ~/.profile;
. ~/.bash_profile;
"""
command = pre_command + my_command
stdin, stdout, stderr = ssh.exec_command(command)