我正在尝试使用我的蛋白质数据集从 R 中的 DEP 包运行 LFQ 工作流，但一些参数不适用于我的案例：
#运行DEP包的LFQ工作流程 数据结果<- LFQ(comparison_table, expdesign, type = "all", name = "description", alpha = 0.05, lfc = 1)
运行代码时，出现如下错误：
错误：“Protein.IDs”不是“比较表”中的列。 错误：“Gene.names”不是“比较表”中的一列。
这些错误表明这些参数是代码正常运行所必需的。但是，当我使用包文档中提供的示例数据集尝试代码时，它在不使用某些参数的情况下工作：
数据_结果<- LFQ(data, experimental_design, fun = "MinProb", type = "control", control = "Ctrl", alpha = 0.05, lfc = 1)
尽管他们没有使用像 ids 这样的参数，但没有错误。
这是 LFQ 工作流参数：
-蛋白质
Data.frame，数据对象。
-expdesign
Data.frame，实验设计对象。
-乐趣
“man”、“bpca”、“knn”、“QRILC”、“MLE”、“MinDet”、“MinProb”、“min”、“zero”、“mixed”或“nbavg”，用于基于数据插补的函数在 manual_impute 和 impute 上。
型
“全部”、“控制”或“手动”，将生成的对比类型。
-控制
Character(1)，生成对比的样本名称（控制样本最合适）。
-测试
字符，如果 type = "manual"，将测试的对比。这些格式应为“SampleA_vs_SampleB”或 c（“SampleA_vs_SampleC”、“SampleB_vs_SampleC”）。
-过滤器 要过滤的列的字符、名称。
-姓名
Character(1)，表示基因名称的列的名称。
-ids
'字符 (1)，代表蛋白质 ID 的列的名称。
-alpha
Numeric(1)，设置错误发现率阈值。
-lfc
Numeric(1)，设置对数倍数变化阈值。
我尝试了我的数据集的代码，我希望它能像他们在包文档中提供的示例一样工作，但它没有如上所述。