仅将 hclust 绘制到切割的簇，而不是每个叶子

Question

我有一个 hclust 树，有近 2000 个样本。我已将其切割成适当数量的簇，并希望绘制树状图，但以我切割簇的高度结束，而不是一直切割到每片叶子。每个绘图指南都是关于按簇为所有叶子着色或绘制一个盒子，但似乎没有什么可以完全保留切割线下方的叶子。

我的完整树状图如下所示：

我想把它画出来，就好像它停在我在这里绘制的 abline 的地方（例如）：

Answer 1

这应该可以帮助您开始。我建议阅读“树状图”的帮助页面

这是帮助页面的示例：

hc <- hclust(dist(USArrests))
dend1 <- as.dendrogram(hc)
plot(dend1)
dend2 <- cut(dend1, h = 100)
plot(dend2$upper)
plot(dend2$upper, nodePar = list(pch = c(1,7), col = 2:1))

通过对树状图对象（不是 hclust 对象）执行剪切，您可以绘制树状图的上部。根据您的分析，替换branch1、2、3和4标签需要一些工作。

祝你好运。