r中具有igraph模块化功能的问题

Question

我正在尝试基于属性来计算图形的模块化。首先，我这样定义属性：

graph <- set_vertex_attr(graph, "attribute", value = as.numeric(df$attribute))

此行代码运行时未返回错误，接下来我运行模块化功能：

modularity(graph, V(graph)$attribute)

我为分类属性运行此代码，没有任何问题，但是对于数字属性（如示例中的代码，我得到此错误：

Error in modularity.igraph(graph, V(graph)$attribute) : At community.c:919 : Invalid membership vector, Invalid value

注：我的图是转换为igraph对象的邻接矩阵（380 * 380）。我试图添加到图形中的数值属性包含许多零和小于1的值。知道我在做什么错吗？

Answer 1

如果您阅读modularity.igraph的帮助页面，您会发现第二个参数是隶属度矢量，该隶属度矢量将每个顶点从1开始分配给模块。因此，如果此矢量中包含0或负数，则表示将得到无效值错误。因子很好，因为它们的级别对应于从1开始的数字。

require(igraph)

g <- barabasi.game(n = 20, m = 2)

mod1 <- rep(c(1, 2, 3, 4, 5), 8)
modularity(g, mod1)
# Modularity is implemented for undirected graphs only.
# [1] -0.04950245

mod2 <- rep(c(0, 1, 2, 3, 4), 8)
modularity(g, mod2)
# Modularity is implemented for undirected graphs only.
# Error in modularity.igraph(g, mod2) : 
# At community.c:919 : Invalid membership vector, Invalid value

如果您认为您的隶属度向量是正确的，并且希望通过它来计算模块化，则可以将其简单地转换为一个因子：

modularity(g, as.factor(mod2))
# Modularity is implemented for undirected graphs only.
# [1] -0.04950245