基于R中多个条件的查询表

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谢谢你看了我的问题!我有以下3个任务的患者绩效数据(假人)。

我有以下(虚拟)数据,用于记录患者在3项任务上的表现。

patient_df = data.frame(id = seq(1:5),
                        age = c(30,72,46,63,58),
                        education = c(11, 22, 18, 12, 14),
                        task1 = c(21, 28, 20, 24, 22),
                        task2 = c(15, 15, 10, 11, 14), 
                        task3 = c(82, 60, 74, 78, 78))
> patient_df
  id age education task1 task2 task3
1  1  30        11    21    15    82
2  2  72        22    28    15    60
3  3  46        18    20    10    74
4  4  63        12    24    11    78
5  5  58        14    22    14    78

我也有以下的(虚拟)查找表,用于年龄和教育的截止值,以定义病人在每个任务上的表现是否受损。

cutoffs = data.frame(age = rep(seq(from = 35, to = 70, by = 5), 2),
                     education = c(rep("<16", 8), rep(">=16",8)),
                     task1_cutoff = c(rep(24, 16)),
                     task2_cutoff = c(11,11,11,11,10,10,10,10,9,13,13,13,13,12,12,11),
                     task3_cutoff = c(rep(71,8), 70, rep(74,2), rep(73, 5)))
> cutoffs
   age education task1_cutoff task2_cutoff task3_cutoff
1   35       <16           24           11           71
2   40       <16           24           11           71
3   45       <16           24           11           71
4   50       <16           24           11           71
5   55       <16           24           10           71
6   60       <16           24           10           71
7   65       <16           24           10           71
8   70       <16           24           10           71
9   35      >=16           24            9           70
10  40      >=16           24           13           74
11  45      >=16           24           13           74
12  50      >=16           24           13           73
13  55      >=16           24           13           73
14  60      >=16           24           12           73
15  65      >=16           24           12           73
16  70      >=16           24           11           73

我的目标是在patient_df中创建3个新的变量,用二进制指标来表示病人在每个任务上是否受损。例如,对于病人_df中的id=1,他们的年龄是<=35岁,受教育程度是<16岁,那么任务1的分界值是24,任务2的分界值是11,任务3的分界值是71,这样低于这些值的分数就表示有障碍。

我想通过引用截止数据集中与年龄和教育相关的截止值来对每个id进行处理,这样结果就会像这样。

> goal_patient_df
  id age education task1 task2 task3 task1_impaired task2_impaired task3_impaired
1  1  30        11     21     15     82               1               1               0
2  2  72        22     28     15     60               0               0               1
3  3  46        18     20     10     74               1               1               0
4  4  63        12     24     11     78               1               0               0
5  5  58        14     22     14     78               1               0               0

实际上,我的 patient_df 有600多个病人,有7个以上的任务,每个任务都有年龄和教育相关的截止值, 所以如果有一个 "干净 "的方法,我将非常感激!我现在唯一能想到的办法就是写大量的if_else语句或case_whens,这对于使用我的代码的其他人来说,是不可置信的可重复性:(

先谢谢你

r lookup lookup-tables
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我建议将您的查找表和 patient_df 数据框架的长格式。我想这可能更容易管理多个任务。

你的 education 列是数字,所以转换为字符"<16 "或">=16 "将有助于在查找表中进行匹配。

使用"<16 "或">=16 "将有助于在查找表中进行匹配。fuzzy_inner_join 会将数据与查找表进行匹配,其中任务和教育完全匹配。== 不过 age 会间 age_lowage_high 如果你为每个查找表的行指定了年龄范围。

最后: impaired 是通过比较特定任务的两个数据帧的值来计算的。

请注意输出。id 1缺少,因为不在查找表中的年龄范围内。你可以在该表中添加更多的行来解决这个问题。

library(tidyverse)
library(fuzzyjoin)

cutoffs_long <- cutoffs %>%
  pivot_longer(cols = starts_with("task"), names_to = "task", values_to = "cutoff_value", names_pattern = "task(\\d+)") %>%
  mutate(age_low = age, 
         age_high = age + 4) %>%
  select(-age)

patient_df %>%
  pivot_longer(cols = starts_with("task"), names_to = "task", values_to = "patient_value", names_pattern = "(\\d+)") %>%
  mutate(education = ifelse(education < 16, "<16", ">=16")) %>%
  fuzzy_inner_join(cutoffs_long, by = c("age" = "age_low", "age" = "age_high", "education", "task"), match_fun = list(`>=`, `<=`, `==`, `==`)) %>%
  mutate(impaired = +(patient_value < cutoff_value))

輸出

# A tibble: 12 x 11
      id   age education.x task.x patient_value education.y task.y cutoff_value age_low age_high impaired
   <int> <dbl> <chr>       <chr>          <dbl> <chr>       <chr>         <dbl>   <dbl>    <dbl>    <int>
 1     2    72 >=16        1                 28 >=16        1                24      70       74        0
 2     2    72 >=16        2                 15 >=16        2                11      70       74        0
 3     2    72 >=16        3                 60 >=16        3                73      70       74        1
 4     3    46 >=16        1                 20 >=16        1                24      45       49        1
 5     3    46 >=16        2                 10 >=16        2                13      45       49        1
 6     3    46 >=16        3                 74 >=16        3                74      45       49        0
 7     4    63 <16         1                 24 <16         1                24      60       64        0
 8     4    63 <16         2                 11 <16         2                10      60       64        0
 9     4    63 <16         3                 78 <16         3                71      60       64        0
10     5    58 <16         1                 22 <16         1                24      55       59        1
11     5    58 <16         2                 14 <16         2                10      55       59        0
12     5    58 <16         3                 78 <16         3                71      55       59        0
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