我正在加载带有scikit-image的TIF文件,并在ipython笔记本(2.2.0版)中内联显示。但是,这样可以在首次显示时图像非常小,当我使用图像右下角的可拖动手柄调整图像时,它只是重新调整图像,同时保留原始图像的分辨率,因此放大时图像非常模糊。这基本上就像ipython正在将我的图像转换为动态缩略图一样。
我也尝试过使用matplotlib的plt.imshow()
,它具有完全相同的结果。我用ipython notebook --pylab inline
开始使用笔记本电脑。
from skimage import io
import matplotlib.pyplot as plt
image_stack = io.MultiImage("my_image.tif")
image = image_stack[0] # it's a multi-page TIF, this gets the first image in the stack
io.imshow(image) # or plt.imshow(image)
io.show() # or plt.show()
要在笔记本上更改“%matplotlib inline”图形分辨率,请执行以下操作:
import matplotlib as mpl
mpl.rcParams['figure.dpi']= dpi
如果你打算在笔记本电脑上使用download/print,我建议将dpi设置在150到300之间。确保%matplotlib inline
在mpl.rcParams['figure.dpi']= dpi
之前运行,否则magic命令将dpi重置为其默认值(归功于@fabioedoardoluigialberto注意到这一点)。
下面的snipppet只更改通过savefig方法保存的数字的dpi,而不是内联生成的数字。
import matplotlib as mpl
mpl.rc("savefig", dpi=dpi)
根据https://www.reddit.com/r/IPython/comments/1kg9e2/ipython_tip_for_getting_better_quality_inline/
你也可以在你的单元格中执行这个魔法:
%config InlineBackend.figure_format = 'svg'
打印质量看起来会更好。您也可以将svg
更改为retina
,以使用更高分辨率的PNG(不那么好)。然而,请注意,如果你的照片变得太复杂,svg
图片将比retina
图片的尺寸大得多
内联matplotlib数字的分辨率与您在GUI窗口或保存的图像中看到的相比有所缩小,可能是为了节省笔记本文件中的空间。要更改它,您可以:
import matplotlib as mpl
mpl.rc("savefig", dpi=dpi)
其中dpi
是一些可以控制内联图的大小/分辨率的数字。我相信内联默认值是80,而matplotlib的默认值是100。
通过拖动手柄缩放结果绘图的原因是图形渲染为png,因此缩放它会缩放但不会更改内在分辨率。
假设当你去拖动和调整图像大小时,这与iPython笔记本(使用%matplotlib内联)发生的情况相同,修复相当简单。
如果您只是创建一个具有不同默认大小的图形,则分辨率也会随着默认大小(Change resolution of imshow in ipython)的增加而增加。例如:
fig = plt.figure(figsize = (10,10))
ax = fig.add_subplot(111)
ax.imshow(array)
这样的事情会增加你想要绘制的东西的分辨率。这似乎对我的代码有用:
from skimage import io
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
image_stack = io.MultiImage("my_image.tif")
image = image_stack[0]
fig = plt.figure(figsize= (20,20)) #create an empty figure to plot into with 20x20 size
io.imshow(image)
io.show()