如何正确激活Apptainer容器内的micromamba环境？

Question

我正在尝试构建一个基于 micromamba 的容器，它会自动激活正确的环境来运行应用程序（此处

jupyter-lab

）。

Apptainer.def

Bootstrap: docker
From: mambaorg/micromamba:1.5.8

%files
    environment.yaml /environment.yaml

%post
    micromamba create -n __apptainer__ && \
    micromamba install -n __apptainer__ --file environment.yaml && \
    micromamba clean --all --yes

    # Activate the environment and set it as default when starting the container
    echo "source /opt/conda/bin/activate __apptainer__" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT
    
    micromamba shell init --shell bash --root-prefix=~/micromamba

    # Update PATH to include micromamba binaries and other environment variables
    echo 'export PATH="/opt/conda/envs/__apptainer__/bin:$PATH"' >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT

    # Add micromamba shell hook and activation to Singularity environment script
    echo '/usr/bin/micromamba activate __apptainer__' >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT

环境.yaml

name: __apptainer__
channels:
  - conda-forge 
dependencies:
  - jupyterlab

用

apptainer build jupyter-lab-micromamba.sif Apptainer.def

构建容器后，我得到这个：

apptainer exec jupyter-lab-micromamba.sif which jupyter-lab

'micromamba' is running as a subprocess and can't modify the parent shell.
Thus you must initialize your shell before using activate and deactivate.

To initialize the current  shell, run:
    $ eval "$(micromamba shell hook --shell )"
and then activate or deactivate with:
    $ micromamba activate
To automatically initialize all future () shells, run:
    $ micromamba shell init --shell  --root-prefix=~/micromamba
If your shell was already initialized, reinitialize your shell with:
    $ micromamba shell reinit --shell 
Otherwise, this may be an issue. In the meantime you can run commands. See:
    $ micromamba run --help

Supported shells are {bash, zsh, csh, xonsh, cmd.exe, powershell, fish}.
critical libmamba Shell not initialized
/opt/conda/envs/__apptainer__/bin/jupyter-lab

它有效，但我想摆脱这个警告。

我尝试在

%post

:

eval "$(micromamba shell hook --shell bash)"

期间运行它，但这也会产生问题。必须如何完成此操作，才能自动激活正确的环境？

Answer 1

请参阅 有关使用

mambaorg/micromamba

与 apptainer 的文档。与您的案例相关的特定部分是：

2. apptainer exec

   不执行入口点脚本，因此不会自动激活

   base

   环境。通过将

   /usr/local/bin/_entrypoint.sh

   添加到要在容器内执行的命令之前，您可以激活

   base

   环境。例如：

   apptainer exec /usr/local/bin/_entrypoint.sh micromamba info
   

我个人对 apptainer 并不熟悉，但如果这没有明确说明如何完成您想要做的事情，请随时在

mambaorg/micromamba

中提出问题，我们将尽力提供进一步帮助。