R 中“stackApply”函数的问题

Question

我对光栅包中的“stackApply”函数有疑问。首先，我想堆叠三个栅格层（每个层有一个波段） - 这是可行的。然后我想创建一个栅格对象，显示最小值出现在三个波段/图层中的哪一个（栅格图层中的每个像素都有不同的值）。但我收到各种错误消息。有谁知道我该如何解决这个问题？ 谢谢你

stacktest<-stack(test,test1,test2)
min_which <- stackApply(stacktest, indices=1, fun=function(x, na.rm=NULL)which.min(x))

Error in setValues(out, v) : values must be a vector
Error in is.infinite(v) : not implemented standard method for type 'list'

Answer 1

这是一个最小的、独立的、可重现的示例：

示例数据来自

?stackApply

library(raster)
r <- raster(ncol=10, nrow=10)
values(r) <- 1:ncell(r)
s <- stack(r,r,r,r,r,r)
s <- s * 1:6

现在将这些数据与您的函数一起使用（我删除了

na.rm=NULL

，因为它未使用）

w <- stackApply(s, indices=1, fun=function(x, ...) which.min(x) )
w
#class      : RasterLayer 
#dimensions : 10, 10, 100  (nrow, ncol, ncell)
#resolution : 36, 18  (x, y)
#extent     : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#crs        : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs 
#source     : memory
#names      : index_1 
#values     : 1, 1  (min, max)

同样适用于

which.max

w <- stackApply(s, indices=1, fun=function(x, na.rm=NULL) which.max(x) )
w
# (...)
#values     : 6, 6  (min, max)

这表明它工作正常。在大多数情况下，这意味着您可能拥有

NA

的细胞

s[1:10] <- NA
w <- stackApply(s, indices=1, fun=function(x, ...) which.min(x) )
# Error in setValues(out, v) : values must be numeric, logical or factor

很容易看出为什么会出现这个错误

which.min(3:1) 
#[1] 3
which.min(c(3:1, NA))
#[1] 3
which.min(c(NA, NA, NA))
#integer(0)

如果所有值都是

NA

，则

which.min

不会按预期返回

NA

。相反，它返回一个空向量。可以这样解决

which.min(c(NA, NA, NA))[1]
#[1] NA

你可以做

w <- stackApply(s, indices=1, fun=function(x, ...) which.min(x)[1] )

但是，将

stackApply

与

indices=1

一起使用并不是一个好方法。您通常应该使用

calc

来计算所有层上的单元格值。

y <- calc(s, function(x) which.min(x)[1])

但在这种情况下你可以使用更简单的

z <- which.min(s)