RStudio的半透明度

Question

我正在尝试在回归线周围创建一个半透明置信区域：

library(car)
library(ggplot2)
library(effects)

mod <- lm(salary~yrs.service+sex, data=Salaries)

yrseff <- as.data.frame(allEffects(mod)[[1]])

ggplot(yrseff, aes(x=yrs.service, y=fit))+
geom_ribbon(aes(ymin=lower, ymax=upper), alpha=.2)+
geom_line(colour="darkgreen", size=2)

我收到此错误消息：

警告消息：在grid.Call.graphics（L_polygon，x $ x，x $ y，index）中：此设备不支持半透明：每页仅报告一次

但是，如果我首先打开一个pdf设备（如下面的代码所示），它会创建一个带有半透明功能区的pdf文件。

pdf()
ggplot(yrseff, aes(x=yrs.service, y=fit))+
geom_ribbon(aes(ymin=lower, ymax=upper), alpha=.2)+
geom_line(colour="darkgreen", size=2)
dev.off()

可能是什么问题？有没有办法获得半透明度而无需保存为pdf？

我在Ubuntu 12.04上使用RStudio，这是我的会话信息。

> sessionInfo()
R version 3.0.3 (2014-03-06)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

locale:
[1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_CA.UTF-8       
[4] LC_COLLATE=en_CA.UTF-8     LC_MONETARY=en_CA.UTF-8    LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8   
[7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.3.1  car_2.0-19       effects_3.0-0    colorspace_1.2-4
[5] lattice_0.20-27 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] dichromat_2.0-0    digest_0.6.4       gtable_0.1.2       labeling_0.2      
[5] MASS_7.3-29        munsell_0.4.2      nnet_7.3-7         plyr_1.8.1        
[9] proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5 Rcpp_0.11.1        reshape2_1.2.2    
[13] scales_0.2.3       stringr_0.6.2      tools_3.0.3 

并且，如果这是有用的信息：

getOption("device")
[1] "RStudioGD"

Answer 1

根据OP的要求：

你能在你的配置中粘贴getOption("bitmapType")的输出吗？如果它不是“cairo”尝试通过options(bitmapType="cairo")设置它，看看你是否得到相同的错误。

Answer 2

我有与OP完全相同的问题，但在我的情况下设置options(bitmapType="cairo")并没有解决问题。

在我的情况下，问题是由于我在没有--with-cairo配置选项的情况下从源手动编译R的事实（或者更确切地说：我的系统缺少必要的libcairo2-dev软件包，--with-cairo没有任何影响）。用适当的cairo支持重新编译R修复了这个问题。它现在甚至可以工作，虽然getOption("bitmapType")仍然设置为“Xlib”。

Answer 3

我在RStudio中运行包'dismo'和'ggplot2'时遇到了类似的问题。在我将'Ghostscript'安装到我的Window_64后，这个问题就开始了，我从计算机中删除了所有这些文件夹，以检查它是否正常工作。删除'Ghostscript'后，RStudio正常工作，没有任何错误。但是，通过使用上述帖子中的选项（bitmapType =“cairo”），我可以解决错误，但我必须每次都重新运行以获得RStudio的正常运行。

Answer 4

当使用带有R v4.4.0的RStudio时，我在Ubuntu 16.04下遇到了同样的问题。将R更新到v4.4.4并从终端运行RStudio之后它运行正常。

请注意，R版本RStudio的使用取决于您启动应用程序的方式（从桌面或终端）。