无法从 GitHub 安装某些 R 包

Question

我正在尝试从 GitHub 安装软件包：https://github.com/NIB-SI/seekr

但是，跑步

devtools::install_github("ablejec/seekr")

产生以下错误

Downloading GitHub repo NIB-SI/pisar@HEAD Error: Failed to install
'pisar' from GitHub:   input string 34 is invalid In addition: Warning
message: In gsub("[^/]", "", file_list) :   unable to translate
'NIB-SI-pisar-33d70bb/devel/_Welcome -<c0> R packages.URL' to a wide
string

具有相同设置（在 Windows 上运行的 RStudio）的其他人能够安装此软件包，但我偷偷怀疑该错误与 UTF-8 相关。我可以通过下载的包加载包，如下所示：

library("seekr", lib.loc = "C:/localfolder/seekr")

我已在 GitHub 存储库中提交了此问题，但我感觉这是一个非常具体的错误，在不久的将来可能无法修复。

作为参考，我的 SessionInfo 输出是：

R version 4.3.0 (2023-04-21 ucrt) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64
(64-bit) Running under: Windows 10 x64 (build 19044)

Matrix products: default


locale: [1] C

time zone: Europe/Paris tzcode source: internal

attached base packages: [1] stats     graphics  grDevices utils    
datasets  methods   base     

other attached packages:  [1] seekr_0.1.0.9000 lubridate_1.9.2 
forcats_1.0.0    stringr_1.5.0    dplyr_1.1.2      purrr_1.0.1     
readr_2.1.4      tidyr_1.3.0       [9] tibble_3.2.1     ggplot2_3.4.2 
tidyverse_2.0.0  jsonlite_1.8.5  

loaded via a namespace (and not attached):  [1] generics_0.1.3   
utf8_1.2.3        stringi_1.7.12    hms_1.1.3         digest_0.6.31   
magrittr_2.0.3    timechange_0.2.0   [8] grid_4.3.0       
pkgload_1.3.2     fastmap_1.1.1     processx_3.8.1    pkgbuild_1.4.2  
sessioninfo_1.2.2 urlchecker_1.0.1  [15] ps_1.7.5         
promises_1.2.0.1  fansi_1.0.4       scales_1.2.1      cli_3.6.1       
shiny_1.7.4       rlang_1.1.1       [22] crayon_1.5.2     
ellipsis_0.3.2    munsell_0.5.0     withr_2.5.0       remotes_2.4.2   
cachem_1.0.8      devtools_2.4.5    [29] tools_4.3.0       tzdb_0.4.0 
memoise_2.0.1     colorspace_2.1-0  httpuv_1.6.11     curl_5.0.1      
vctrs_0.6.2       [36] R6_2.5.1          mime_0.12        
lifecycle_1.0.3   fs_1.6.2          htmlwidgets_1.6.2 usethis_2.2.0   
miniUI_0.1.1.1    [43] pkgconfig_2.0.3   callr_3.7.3      
pillar_1.9.0      later_1.3.1       gtable_0.3.3      glue_1.6.2      
profvis_0.3.8     [50] Rcpp_1.0.10       tidyselect_1.2.0 
rstudioapi_0.14   xtable_1.8-4      htmltools_0.5.5   compiler_4.3.0  
prettyunits_1.1.1

Answer 1

存储库中有一些非 UTF8 字符：我分叉了存储库并删除了它们。如果您从 jpmam1/pisar 安装 pisar，而不是 NIB-SI/pisar，即

devtools::install_github("jpmam1/pisar")

然后，重新安装导引头：

devtools::install_github("ablejec/seekr")

它应该可以毫无问题地安装（如果它解决了您的问题，我将向 NIB-SI/pisar 存储库提出拉取请求）。

Answer 2

知道为什么原始编码不起作用吗？

English_United States.1252

区域设置使用Windows-1252编码，这是拉丁字母的字符编码。该字符编码是 ISO 8859-1 的超集，并且是许多 Windows 应用程序中的默认编码，因此它被设计为与许多旧软件包兼容。

当您将语言环境切换到

English_United States.1252

时，您正在更改 R 处理和解释字符串的方式。有些包在设计时可能考虑到了这种编码，或者它们可能包含非 UTF-8 字符，当 R 尝试将它们解释为 UTF-8 时，这些字符会导致问题。
请参阅“如何更改 R 的语言环境？”

切换到此区域设置有助于解决您的问题这一事实表明，

seekr

包（或可能是其依赖项之一）包含此类非 UTF-8 字符。

例如，我看到

Bioconductor/BiocManager

，

seekr

的依赖项通常与

LC_COLLATE=English_United States.1252

一起使用，如issue 103所示。