我从Microsoft商店使用Windows的Ubuntu 18.04 LTS,并尝试使用cpanm Bio::SeqIO
安装BioPerl模块Bio :: SeqIO。 Perl版本是v5.26.1。似乎模块安装失败:
! Installing the dependencies failed: Module 'XML::Twig' is not installed, Module 'XML::LibXNL::Reader' is not installed, Module 'XML::LibXML' is not installed, Module 'XML::Parser::PerlSAX' is not installed, Module 'XML::DOM::XPath' is not installed, Module 'XML::DOM' is not installed
! Bailing out the installation for BioPerl-1.7.7
58 distributions installed
如果我在一行中运行脚本,请使用Bio :: SeqIO;我收到一个错误:
Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the
Bio::SeqIO module) (@INC contains: ...
我不确定如何继续。我可以尝试安装因cpanm失败的依赖项,但我不知道这是否是正确的方法。
我在Windows 10笔记本电脑上尝试过此操作:
如here所述安装WSL Ubuntu 18.10,然后
从Linux终端窗口使用系统perl
,即/usr/bin/perl
(也许最好使用perlbrew
并安装自定义perl
,而避免使用sudo
):
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install make gcc libexpat1-dev
sudo cpan local::lib
sudo cpan App::cpanminus
sudo cpanm -n Time::Zone # <-- failed tests
sudo cpanm -n XML::DOM::XPath # <-- failed tests
sudo cpanm Bio::SeqIO
这对我有用。
也许sudo apt-get install bioperl bioperl-run
将安装功能中可能需要的所有模块。