无法从Microsoft Store在Windows 10的Ubuntu上安装Bio :: SeqIO模块

问题描述 投票:1回答:2

我从Microsoft商店使用Windows的Ubuntu 18.04 LTS,并尝试使用cpanm Bio::SeqIO安装BioPerl模块Bio :: SeqIO。 Perl版本是v5.26.1。似乎模块安装失败:

! Installing the dependencies failed: Module 'XML::Twig' is not installed, Module 'XML::LibXNL::Reader' is not installed, Module 'XML::LibXML' is not installed, Module 'XML::Parser::PerlSAX' is not installed, Module 'XML::DOM::XPath' is not installed, Module 'XML::DOM' is not installed
! Bailing out the installation for BioPerl-1.7.7
58 distributions installed

如果我在一行中运行脚本,请使用Bio :: SeqIO;我收到一个错误:

    Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the 
        Bio::SeqIO module) (@INC contains: ...

我不确定如何继续。我可以尝试安装因cpanm失败的依赖项,但我不知道这是否是正确的方法。

perl windows-subsystem-for-linux bioperl
2个回答
1
投票

我在Windows 10笔记本电脑上尝试过此操作:

  • here所述安装WSL Ubuntu 18.10,然后

  • 从Linux终端窗口使用系统perl,即/usr/bin/perl(也许最好使用perlbrew并安装自定义perl,而避免使用sudo):

    sudo apt-get update
    sudo apt-get -y install make gcc libexpat1-dev
    sudo cpan local::lib
    sudo cpan App::cpanminus
    sudo cpanm -n Time::Zone  # <-- failed tests
    sudo cpanm -n XML::DOM::XPath # <-- failed tests
    sudo cpanm Bio::SeqIO
    

这对我有用。


0
投票

也许sudo apt-get install bioperl bioperl-run将安装功能中可能需要的所有模块。

Bioperl

© www.soinside.com 2019 - 2024. All rights reserved.