将一列中以“/”分隔的GeneID分成多列

Question

我有一个 data.frame，只有一列用“/”分隔的基因 ID，请参阅数据。

行	x
第1行	5788/3689/5230/8826/302/79026/203068/476
第2行	3312/6892/811/3123/3122

如何获得每个单元格中只有一个ID的data.frame，如下所示，非常感谢。

行	v1	v2	v3	v4	v5	v6	v7	v8
第1行	5788	3689	5230	8826	302	79026	203068	476
第2行	3312	6892	811	3123	3122

Answer 1

您可以使用

read.table

，仅使用 x 列作为

text

输入向量，并指定

fill=TRUE

和

sep="/"

read.table(text=dat$x, sep="/", fill =TRUE)
    V1   V2   V3   V4   V5    V6     V7  V8
1 5788 3689 5230 8826  302 79026 203068 476
2 3312 6892  811 3123 3122    NA     NA  NA

并且

cbind

它可以是原始数据框或只是行列：

cbind(rows=dat$rows, read.table(text=dat$x, sep="/", fill =TRUE))
#------------
  rows   V1   V2   V3   V4   V5    V6     V7  V8
1 row1 5788 3689 5230 8826  302 79026 203068 476
2 row2 3312 6892  811 3123 3122    NA     NA  NA

fill=

参数让 read.table 接受每行包含不同数量项目的输入行。

sep=

参数允许使用与通常的空格或逗号分隔符不同的分隔字符。

NA

值用于填充较短的输入行。您本质上是使用单列数据作为要解析的输入文件。