如何在python中正确安装rpy2?

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还有很多像我一样的其他问题,但它们已经过时了,所以我认为新的更新指南将对每个尝试在 Python 中安装 rpy2 的人有所帮助。
就我而言,我正在尝试使用 pymer4 包,但我无法正确导入它。
我发现错误在于 rpy2.robjects 所以我决定按照这个答案创建一个干净的环境

步骤

  1. 我创建了一个新的conda环境

    conda create -n rpy2_env r-essentials<4.2 r-base<4.2 python=3.7

我将版本设置为<4.2 because I read online this problem can be caused by a wrong r version. Anyway neither 4.2 nor 4.1 worked for me.

  1. 我安装了 pymer4 软件包(及其依赖项,包括 rpy2)

    conda install -c ejolly -c conda-forge pymer4

  2. 我将rpy2降级到3.4.5(参见下面的相关问题,我也尝试过不降级)

    conda install rpy2=3.4.5

  3. 当我尝试导入 pymer4 或 rpy2.robjects 时,出现以下错误

    R[write to console]: Error in gettext(fmt, domain = domain, trim = trim) :
    3 arguments passed to .Internal(gettext) which requires 2

在终端中,日志在下载和安装过程中没有显示错误。
如果您需要有关我的系统或其他任何内容的更多信息,请发表评论,我将更新问题。
我真的陷入了这一点,我想我已经尽力了。如果有人能启发我,我将非常感激。

类似问题
导入rpy2:无法确定R库路径
Rpy2 在安装时找不到我的 R 库
R[写入控制台]:gettext(fmt,domain = domain,trim = trim)中出现错误:3个参数传递给.Internal(gettext),需要2个

python r rpy2
2个回答
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我想我找到了解决方案。
问题出在 conda 和 rpy2 上,显然用 conda 安装的 rpy2 已经过时了。
您可以使用 pip 在新环境(venv 或 conda env)上正确安装 rpy2。 我做到了,到目前为止一切正常。


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安装有问题?

  • 需要检查一些事项:
    • 所有先决条件均已满足,例如适合您平台的 R 版本以及当前版本的 ArcGIS。
    • 确保您的用户具有管理员访问权限,并尝试以管理员身份运行 ArcGIS:
    • 以管理员身份启动 ArcGIS,右键单击图标,选择“以管理员身份运行”,然后尝试脚本
    • 如果这不起作用,则将包目录“arcgisbinding”安装到 R 文件夹(通常为 C:\Users\Documents\R\win-library)到请求的位置 C:\Program Files (x86)\ArcGIS\Desktop\Rintegration
    • 在 Windows 7 上,必须安装 KB2533623。如果没有此修补程序,库将生成错误“可以找到过程入口点 AddDllDirectory”。
  • 可以将该版本手动安装到 R 中,如此截屏视频所示。如果您计划主要使用 R 工作,请使用此选项。
  • 还卡住了吗? 添加问题,我们会查看。 (有关 GitHub 问题的更多信息
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