如何在脚本中从Python执行snpsift的shell命令

Question

如何使用 python 脚本中的输入 (

All_20180418.vcf.gz

,

A_annot.vcf

) 和输出 (

A_annotated_2.vcf

) 参数执行以下命令？

java -Xmx12G -jar SnpSift.jar annotate -id All_20180418.vcf.gz  A_annot.vcf > A_annotated_2.vcf

我应该使用 import os 和 import subprocess 吗？

Answer 1

我不确定我完全理解你的问题，但如果你想知道如何从 python 脚本中运行该命令，那么 yes- subprocess 是一个不错的选择。如果我理解正确，您可以执行以下操作：

import subprocess
process_list = ["java", "-Xmx12G", "-jar", "SnpSift.jar", "annotate", "-id", "All_20180418.vcf.gz",  "A_annot.vcf", ">", "A_annotated_2.vcf"]
result = subprocess.run(process_list)
print(result.stdout)

其中 result.stdout 是命令运行的标准输出