R - pec包和coxph的cindex函数之间的差异

Question

我正在将pec包中的cindex函数与来自coxph（生存包）的结果索引进行比较。

1）首先，这两个功能之间的结果是不同的

library(pec)
library(survival)
library(prodlim)

# Simulate survival data
set.seed(12)
dat <- SimSurv(1000)

# C-index from coxph    
mod1 <- coxph(Surv(time,status)~X1+X2, data=dat)
summary(mod1)$concordance[1]

0.846249

# C-index from cindex    
cindex(mod1,formula=Surv(time,status)~X1+X2,data=dat)

           AppCindex  Pairs Concordant
coxph.model        83 915194     759712

2）如果我使用计数过程格式，cindex函数会给我一个错误

data(Melanoma)
# Calculate age at entry
Melanoma$age_entry <- Melanoma$age-(Melanoma$time/365.25)
# Use just one outcome (no competing risk scenario)
Melanoma$out <- ifelse(Melanoma$status==1,1,0) 

mod1 <- coxph(Surv(age_entry,age,out)~ulcer+thick, data=Melanoma)
summary(mod1)$concordance[1]

0.7661805 

cindex(mod1,formula=Surv(age_entry,age,out)~ulcer+thick,data=Melanoma)

Error: is.null(entry) | all(entry <= time) is not TRUE

有没有人知道为什么1）两个C索引是不同的2）如果可以在cindex函数中使用计数过程格式？

谢谢！

Answer 1

Re: 1) coxph::concordance differs from pec::cindex

在计算这两者之间的C-index时，默认情况下看起来联系的处理方式不同。

在coxph的公式（见?survConcordance()）：

(agree + tied/2)/(agree + disagree + tied).

在pec::cindex的公式：

agree/(agree + disagree)

尝试从pec::cindex的输出中手动计算这些。对于coxph，使用此公式获取同意/不同意数字（通过?survConcordance）：

fit <- coxph(Surv(time, status) ~ x1, data=df)
survConcordance(Surv(time, status) ~predict(fit), df)

参考

?coxph.object有：

一致性：一致性，由survConcordance计算。

?survConcordance有：

最终的一致性是（同意+并列/ 2）/（同意+不同意+并列）。

注意：阅读完整的帮助文件，了解有关这些关系的重要说明。

我通过手动检查数字得到了pec的公式。