一个简单的`paste0`命令在`draw`命令中不起作用？ （ComplexHeatmap，r）

Question

作为使用ComplexHeatmaps的一部分，我需要创建一个字符串，以便我可以将三个地图一起绘制。

如果我有热图qazxsw poi，qazxsw poi和qazxsw poi，我将需要这样做，

A

然后，这将在一个画布上绘制所有的热图，B，C和

AllMaps <- A + B + C

draw(AllMaps)

。

然而，当我尝试用我的热图列表（A，B和C存储在A中）时...

B

它失败了，我收到以下消息：

C

奇怪的是，如果我然后运行HeatmapList我得到：

    AllMaps <- paste0("HeatmapList[['", names(HeatmapList[1]),
                       "']] + HeatmapList[['", names(HeatmapList[2]), 
                       "']] + HeatmapList[['", names(HeatmapList[3]), 
                       "']]"
                     )

    draw(AllMaps)

显示

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘draw’ for signature ‘"character"

正确打印出我的对象名称列表。然后，如果我将该输出直接复制并粘贴到AllMaps中，它就可以了！例如

"HeatmapList[['A']] + HeatmapList[['B']] + HeatmapList[['C']]"

那么paste0用draw做什么，当我自己运行它时它不会做什么？

这是一个例子，如果你想运行它并亲眼看看：

#This works
draw(HeatmapList[['A']] + HeatmapList[['B']] + HeatmapList[['C']])

Answer 1

paste0只是一个普通的字符串，当你在draw函数中传递它而不是将它作为

#Get the most recent ComplexHeatmaps Package
library(devtools)
install_github("jokergoo/ComplexHeatmap", force = TRUE)
library(ComplexHeatmap)


#Make Example Matrices
Matrices = list()

Matrices[['Mtx1']] <- matrix(  c(2, 4, 5, 7), nrow=2, ncol=2, dimnames = list(c("Row1", "Row2"), c("C.1", "C.2"))) 
Matrices[['Mtx2']] <- matrix(  c(5, 1, 3, 9), nrow=2, ncol=2, dimnames = list(c("Row1", "Row2"), c("C.1", "C.2"))) 
Matrices[['Mtx3']] <- matrix(  c(8, 3, 7, 5), nrow=2, ncol=2, dimnames = list(c("Row1", "Row2"), c("C.1", "C.2"))) 

#Create Heatmaps
HeatmapList = c()

HeatmapList <- lapply(Matrices, function(q) {
  Heatmap(q, name = "a_name") 
})

names(HeatmapList) <- c('A', 'B', 'C')

#Draw a heatmap to check it's all working
draw(HeatmapList[[2]])

#Create Heatmap string so A, B and C can all be plotted together
AllMaps <- (paste0("HeatmapList[['", names(HeatmapList[1]), "']] + ",
                   "HeatmapList[['", names(HeatmapList[2]), "']] + ",
                   "HeatmapList[['", names(HeatmapList[3]), "']]" ))

#Draw using the string we just made --> DOESN"T WORK!
draw(AllMaps)

#Check the string --> LOOKS FINE, JUST AS IT SHOULD BE 
paste0(AllMaps)

# Copy and paste string manually into draw command --> THIS WORKS
draw(HeatmapList[['A']] + HeatmapList[['B']] + HeatmapList[['C']])

#SO WHY DOES THIS FAIL???
draw(AllMaps)

对象时，它将它作为一个字符进行评估，因此它会给出错误消息。一种选择是使用AllMaps将字符串计算为draw对象

HeatmapList

虽然这有效，但通常不推荐使用eval(parse(text。

如果你检查HeatmapList的draw(eval(parse(text = AllMaps))) 它是角色

eval(parse

如果你检查

class

所以我们需要将这些单个对象带入AllMaps类。

我们可以使用简单的

class(AllMaps)
#[1] "character"

循环

class(HeatmapList[['A']] + HeatmapList[['B']] + HeatmapList[['C']])

#[1] "HeatmapList"
#attr(,"package")
#[1] "ComplexHeatmap"

现在在HeatmapList上使用for方法，这将给我们预期的输出

HeatmapList = c()

for (i in seq_len(length(Matrices))) {
  HeatmapList = HeatmapList + Heatmap(Matrices[[i]], name = "a_name") 
}

draw