如何在执行过程中在容器中启动conda/mamba环境

Question

我想在我的容器上执行 exec 并执行我的命令：

apptainer exec myContainer.sif myCommand

（或奇点）

但是 myCommand 在 conda/mamba 环境中，所以我正在做：

apptainer exec myContainer.sif bash -c 'source /opt/mamba/etc/profile.d/mamba.sh; source activate mambaEnvironment; myCommand'

这效果很好。我尝试在定义文件的部分设置曼巴环境激活，如下所示：

%environment
  PATH=$PATH:/bbmap/:/opt/mamba/bin/
  . /opt/mamba/etc/profile.d/mamba.sh
  mamba activate blee

但它似乎没有做任何事情。我基本上想对其进行设置，以便每次执行 apptainer exec （或奇异性 exec）时，它都会加载到适当的 mamba/conda 环境（这样我就可以作为 nextflow 管道的一部分轻松运行它）。我该怎么做？

以下是食谱示例：

Bootstrap: docker
From: ubuntu:20.04

%post
  apt-get -y update
  apt-get -y upgrade
  DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
  apt-get -y install default-jre
  apt-get -y --no-install-recommends install wget git zlib1g-dev curl openssh-client tar gzip ca-certificates build-essential cmake

  #Install Mamba
  readonly mamba_installer="Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
  readonly mamba_version="4.10.3-4"
  readonly mamba_prefix="/opt/mamba"
  wget "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/download/${mamba_version}/${mamba_installer}"
  bash "${mamba_installer}" -b -p "${mamba_prefix}"
  rm "${mamba_installer}"
  export PATH="/opt/mamba/bin:$PATH"

  PATH=$PATH:/bbmap/
  mamba config --add channels defaults
  mamba config --add channels conda-forge
  mamba config --add channels bioconda

  mamba create -y -n blee python=3.6 pip
  mamba init
  . /opt/mamba/etc/profile.d/mamba.sh
  . activate blee
  mamba install -n blee -c bioconda nanocomp porechop

%environment
  PATH=$PATH:/bbmap/:/opt/mamba/bin/
  . /opt/mamba/etc/profile.d/mamba.sh
  mamba activate blee

%runscript
    exec "$@"

Answer 1

据我所知，conda/mamba 环境仅在交互式登录时激活，即使您将激活放入

.bashrc

文件中。

如果将 env bin 添加到

PATH

它通常可以工作，但可能需要将更多路径添加到脚本中。像

ENV PATH /opt/mamba/env/blee/bin:$PATH

之类的东西。如果您使用可执行脚本，还请记住更新 shebang。