PyMOL:获取选择序列

问题描述 投票:0回答:2

我选择了这样的残基:

fetch 1bsx
select interface_1bsx, byres((1bs and chain A) within 5A of (1bsx and chain X)) 

如何获得

interface_1bsx
的顺序?

alignment pymol
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使用

iterate
命令(pymol wiki):

iterate interface_1bsx, resn

或者如果您更喜欢将其放在 python 列表中:

residues = []
iterate interface_1bsx, residues.append(resn)
print(residues)

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print(cmd.get_fastastr('sele'))

也许这个功能以前不存在。

https://pymolwiki.org/index.php/Get_fastastr

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