HDF5 - C++ - 打开文件读取内容失败

Question

我尝试编写一个非常短的脚本来打开 hdf5 文件，但它不起作用。

#include <iostream>
#include "H5Cpp.h"

#ifndef H5_NO_NAMESPACE
    using namespace H5;
#endif

const H5std_string FILE_NAME( "testfile.h5" );

int main (void)

{

    H5File openFile( FILE_NAME, H5F_ACC_RDONLY );

}

我很确定我包含了 hdf5 库和包含的路径。 但尽管如此，我还是从链接器收到了错误消息：

Invoking: GCC C++ Linker
g++ -L/usr/local/pub/lib64 -L/usr/local/pub/lib -L/lib64 -L/usr/lib64 -o "HDF5_CPP"  ./openfile.o   
./openfile.o: In function `main':
/athome/augs_ay/workspace/HDF5_CPP/Debug/../openfile.cpp:18: undefined reference to `H5check_version'
/athome/augs_ay/workspace/HDF5_CPP/Debug/../openfile.cpp:18: undefined reference to `H5::FileAccPropList::DEFAULT'
/athome/augs_ay/workspace/HDF5_CPP/Debug/../openfile.cpp:18: undefined reference to `H5::FileCreatPropList::DEFAULT'
/athome/augs_ay/workspace/HDF5_CPP/Debug/../openfile.cpp:18: undefined reference to `H5::H5File::H5File(std::string const&, unsigned int, H5::FileCreatPropList const&, H5::FileAccPropList const&)'
/athome/augs_ay/workspace/HDF5_CPP/Debug/../openfile.cpp:18: undefined reference to `H5::H5File::~H5File()'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [HDF5_CPP] Error 1

有人可以帮忙吗？ 谢谢！

Answer 1

对于那些使用 CMake 的人，这里有一个示例：

（最后一行解决了未定义引用问题）

find_package(HDF5 COMPONENTS C CXX HL REQUIRED)
link_directories( ${HDF5_LIBRARY_DIRS} )
include_directories( ${HDF5_INCLUDE_DIRS} )
add_executable( convert_to_hdf5 src/convert_to_hdf5.cpp )
target_link_libraries( convert_to_hdf5 ${HDF5_CXX_LIBRARIES} )

Answer 2

我想给所有将来到达这个地方并遇到同样问题的人留下一条信息：

如果您选择使用带标志的

g++

来编译代码，而不是使用 hdf5 提供的

h5c++

脚本，请确保您使用的标志来自

h5c++ -show

而不是

h5cc -show

，因为后者用于直接 C 版本。

Answer 3

扩展 Bazel 用户的答案。 对我有帮助的是将原始评论中的标志添加到“linkopts”中。 那就是：

cc_binary(
    name="h5-test",
    srcs=[
    "cpp/read_h5_test.cpp"
],
    copts=[]
+ select(
    {
        "//conditions:default": [
            "-I/usr/include/hdf5/serial/",
        ],
    }
),
    includes=[
    "inc"
],
    linkopts=[
    "-lhdf5_serial",
    "-lhdf5_cpp",
],
    visibility=[
    "//visibility:public"
],
)