使用gganimate和ggplot2时出现意外错误

Question

我希望对多年来绘制在世界地图（来自 rnaturalearth）上的价值观地图进行动画处理。我已经下载了 rnaturalearth 数据并将其与我的数据集连接起来（三个变量：将其与 rnaturalearth 数据连接的国家/地区代码之一、每个国家/地区的值之一以及年份的值）。我可以正常连接这两个数据集：

baseBorderMap <- 
  ne_countries(returnclass = 'sf') # Returns world country polygons as sf class
baseBorderMap["51", "iso_a2_eh"] <- "NM" # Renames Namibia country code
baseBorderMap["175", "iso_a2_eh"] <- "XK" # Renames Kosovo country code
aniData <- baseBorderMap %>% right_join(countryYearMam, by = "iso_a2_eh") # Adds counts to map data (maybe something to do with fill needing data with borders?)
aniData <- filter(aniData, !is.na(specimens)) # Remove records with no specimens

我可以使用普通的 ggplot2 函数绘制地图，忽略年份数据：

mammalYear <- ggplot(data = aniData) + # Plots map
  geom_sf(data = aniData, lwd = 0) +
  geom_sf(data = aniData, aes(fill = log(specimens)), lwd = 0.3) + # Sets fill colour based on specimens from mydata2
  #ggtitle("(b)") +
  scale_fill_viridis_c() +
  theme_bw() +
  theme(legend.title = element_blank())

将 gganimate 函数添加到图中并尝试将其可视化或使用

animate()

函数后，我收到错误。

timelapse_mammalYear <- mammalYear +
  transition_states(year,
                    transition_length = 2,
                    state_length = 1) +
  enter_fade() +
  exit_fade()

> timelapse_mammalYear
Error in vapply(from, nrow, integer(1)) : values must be length 1,
 but FUN(X[[8]]) result is length 0
In addition: Warning message:
In max(area_diff) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

此错误是什么意思，如何修改我的数据以正确使用这些函数，以便为我的地图制作动画？

第二次编辑：任何列中都没有 NA。

>dput(head(countryYearMam, 5))
structure(list(iso_a2_eh = c("AD", "AD", "AD", "AD", "AD"), year = c(1930L, 
1950L, 1962L, 1965L, 1968L), specimens = c(1L, 12L, 24L, 14L, 
3L)), row.names = c(NA, 5L), class = "data.frame")

年份：最小值 = 1793，最大值 = 2020 样本：最小值 = 1，最大值 = 2601

Answer 1

我无法重现您的问题，但潜在原因包括：

• 您的 countryYearMam 数据存在问题
• 您的软件包版本/R 环境
• 有

  gganimate

的错误

如果没有您的完整数据集，我无法保证这会解决您的具体问题。但是，这里有一个对您的方法进行了一些改进的代表，“应该”适用于您的实际数据。它使用包含 29,259 行的示例 countryYearMam 数据集。需要考虑的一些要点：

您创建的

ne_countries()
1. 对象不包含数据中存在的所有管理区域，例如安道尔，所以使用更详细的版本在您的
ggplot()
2. 中，您调用 aniData 两次，但只有其中一次应用了

   aes()

   。这是不必要的开销，因此使用

   baseBorderMap

   来代替。
gganimate
3. 存在

   已知错误。我不能确定您是否遇到了错误，但是 

   ne_countries() 过去曾引发过问题

加载包并生成数据：

library(rnaturalearth) # 1.0.1
library(dplyr) # 1.1.4
library(sf) # 1.0.15
library(gganimate) # 1.0.8 with ggplot2 3.5.0

# Create world map sf: note addition of scale argument
baseBorderMap <- ne_countries(scale = 50, returnclass = 'sf') %>%
  st_set_crs(NA)

# Correct ISO2 country codes: note substitution of iso_a2_eh column
baseBorderMap[which(baseBorderMap$sovereignt == "Namibia"), "iso_a2"] <- "NM"
baseBorderMap[which(baseBorderMap$sovereignt == "Kosovo"), "iso_a2"] <- "XK"

# Simplify geometries for faster plotting
baseBorderMap <- baseBorderMap %>%
  st_simplify(preserveTopology = FALSE,
              dTolerance = .001)

# Create example countryYearMam df
countryYearMam <- data.frame(matrix(NA, nrow = 0, ncol = 3))
colnames(countryYearMam) <- c("iso_a2", "year", "specimens")

set.seed(1)
for(i in sort(baseBorderMap$iso_a2)) {
  
  j <- sample(30:227, 1)
  k <- rep(i, j)
  m <- sort(sample(1793:2020, j))
  n <- sample(1:2601, j)
  tmp <- data.frame(iso_a2 = k, year = m, specimens = n)
  countryYearMam <- rbind(countryYearMam, tmp)
  
}

将 sf 数据加入到

countryYearMam:

# Join countryYearMam to map sf and filter NAs
aniData <- baseBorderMap %>% 
  right_join(countryYearMam, by = "iso_a2") %>%
  filter(!is.na(specimens)) %>% # included for completeness, no NAs were generated in sample df above
  select(continent, iso_a2, year, specimens)

生成情节：

mammalYear <- ggplot() +
  geom_sf(data = baseBorderMap, colour = "grey75") +
  geom_sf(data = aniData,
          aes(fill = log(specimens)),
          lwd = 0.3) +
  scale_fill_viridis_c() +
  theme_bw() +
  theme(legend.title = element_blank())

timelapse_mammalYear <- mammalYear +
  transition_states(year,
                    transition_length = 2,
                    state_length = 1) +
  labs(title = "Year: {closest_state}") + # For illustrative purposes
  enter_fade() +
  exit_fade()

生成 .gif：

注意此 animate() 脚本在相对低规格的 PC 上运行大约需要 53 分钟

anim <- animate(timelapse_mammalYear, 
        renderer = gifski_renderer(), 
        height = 5,
        width = 8, 
        units = "cm",
        fps = 1, 
        duration = 228, 
        end_pause = 2, 
        res = 100)

anim