R 中的嵌套方差分析

Question

我想表明，由于物种因素，不同物种的种子显示出不同的长度。 对于每个物种，我有几棵树，对于每棵树，我都测量了几颗种子。

使用 R，我做了方差分析：

summary(aov(Length ~ Species))

然而，审稿人注意到一个独立性问题，因为种子可能来自同一棵树。 （这确实是一个真正的问题！）

为了回答这个问题，我认为我应该做一个嵌套方差分析。是这样吗？

但是，有很多方法可以编写代码：

summary(aov(Length ~ Species*Tree))
summary(aov(Length ~ Tree*Species))
summary(aov(Length ~ Species/Tree))
summary(aov(Length ~ Species+Error(Tree)))

我相信这是列出的最后一种可能性，它将使我能够证明种子的长度因物种而异，并考虑到种子可能来自同一棵树。

你能确认吗？

当我运行命令时，我得到：

Error: Tree
Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)     
Species 12  320.6  26.715   14.98 4.96e-15 ***
Residuals  71  126.6   1.784                     
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Error: Within
Df Sum Sq  Mean Sq F value Pr(>F)
Residuals 1541  11.92 0.007733 

这确实意味着物种对种子长度有重大影响，对吗？

非常感谢您的帮助！！

穆里尔

Answer 1

请参阅此处，了解 R 中嵌套方差分析的一些示例以及对混合模型的一些见解。

我会安装包

lme4

，在 R 中执行

?lmer

，然后查看提供的页面上的“混合和多级模型”部分。也许这对您的数据来说是更好的方法。