Snakemake：针对许多基因组的许多RNAseq读数的HISAT2比对

Question

我有几个基因组文件，所有文件后缀为1.ht2l至.8.ht21，并带有sereval RNAseq样本。我想将所有rnaseq红色与基因组对齐。

workdir: "/path/to/aligned"  
(HISAT2_INDEX_PREFIX,)=glob_wildcards("/path/to/index/{prefix}.1.ht2l")
(SAMPLES,)=glob_wildcards("/path/to/{sample}_1.fastq.gz") 
print(HISAT2_INDEX_PREFIX)  
print (SAMPLES)

rule all:
    input: 
        expand("{prefix}.{sample}.bam", zip, prefix=HISAT2_INDEX_PREFIX, sample=SAMPLES)

rule hisat2:
    input:
        hisat2_index=expand("%s.{ix}.ht2l" % HISAT2_INDEX_PREFIX, ix=range(1, 9)),
        fastq1="/path/to/{sample}_1.fastq.gz",
        fastq2="/path/to/{sample}_2.fastq.gz"
    output:
        bam = "{prefix}.{sample}.bam",
        txt = "{prefix}.{sample}.txt",
    log: "{prefix}.{sample}.snakemake_log.txt"
    threads: 5
    shell:
      "/Tools/hisat2-2.1.0/hisat2 -p {threads} -x {HISAT2_INDEX_PREFIX}"
      " -1 {input.fastq1} -2 {input.fastq2}  --summary-file {output.txt} |"
      "/Tools/samtools-1.9/samtools sort -@ {threads} -o {output.bam}"

我丢失了输入文件错误，我确定该错误存在后缀，但是，我不知道如何解决，任何建议都会受到赞赏。

Answer 1

让我们比较这两行：

(HISAT2_INDEX_PREFIX,)=glob_wildcards("/path/to/index/{prefix}.1.ht2l")

        hisat2_index=expand("%s.{ix}.ht2l" % HISAT2_INDEX_PREFIX, ix=range(1, 9)),

第一行明确指定了/path/to/index/，第二行未指定此路径。保持一致，应该可以解决您的问题。