几天前我升级了R(从3.6到4.0)和RStudio(从1.1到1.2.5),昨天Ubuntu从18.04升级到20.04。
从那时起,R 有时 当执行某些命令时,永远不会终止。ivreg
(来自软件包 AER
), summary
和 logitmfx
(来自包装 mfx
). 有时这些命令运行得很好,但大多数时候我不得不杀死进程 (killall rstudio
),因为即使在RStudio中按下红色的停止按钮,R也不会终止执行。
当我尝试 example('AER')
,它工作得很好。然后我重新安装了软件包 AER
. 它抛出了10个类型的警告 In readLines(file, skipNul = TRUE) : cannot open compressed file '/usr/lib/R/site-library/[package]/DESCRIPTION', probable reason 'No such file or directory'
哪儿 [package]
是 abind
, colorspace
, dichromat
...(但不 AER
).
此后 example('AER')
抛出一个警告。no help found for ‘AER’
.
我已经删除并重新安装了R 4.0:这没有任何帮助。此外, apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
抛出了一个警告。dpkg: warning: while removing r-base-core, directory '/usr/lib/R/site-library' not empty so not removed
. 此外,还有一堆 Package [package] is not installed, so not removed
包括 [package]
与...相当 r-cran-abind
和上述其他(此 purge
也返回了一堆 Note, selecting [package] for glob 'r-cran-*'
).
我还没有尝试过在没有RStudio的情况下使用R。我可能是在升级到Ubuntu 20.04的过程中使用了RStudio。另外,我不记得这个问题是在我升级R和RStudio之后开始的(这是我的最佳猜测),还是在我升级Ubuntu之后(一两天之后)。
我希望有人能帮助我。
解决方案是通过 r-sig-debian
邮件列表 由Dirk Eddelbuettel和Sébastien Villemot。
我不知道这是否有必要,但我首先做到了。
sudo update-alternatives --config libblas.so.3-x86_64-linux-gnu
然后选择 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3
(而不是 pthread
).
然后(这就成功了)。
sudo apt install libopenblas-openmp-dev
sudo apt remove libopenblas-pthread-dev libopenblas0-pthread