我正在尝试通过在python脚本中使用rpy2
获得R sessioninfo(),原因是我要从python进行api调用到自定义R库。我想尝试的基本方法是使用简单的python脚本获取当前的R sessioninfo()。
我的尝试:
这是我通过遵循此SO
post进行的尝试:
SO
我在R studio中使用import rpy2.robjects as robjects
import os
os.environ['R_HOME'] = "C:/PROGRA~1/R/R-36~1.3"
robjects.r('''
source('myfunc.r')
''')
myfunc = function(){
return(sessionInfo())
}
或Sys.getenv('R_HOME')
获得了R_HOME。
新的更新尝试:
基于@Parfait的建议,我也尝试过这种方式:
R.home()
但是现在我得到另一个错误:
pip install .\rpy2-2.9.5-cp37-cp37m-win_amd64.whl
import os
os.environ['PYTHONHOME'] = r"C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37"
os.environ['PYTHONPATH'] = r'C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages'
os.environ['R_HOME'] = r'C:\Program Files\R\R-3.6.3'
os.environ['R_USER'] = r'C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\rpy2'
# importing rpy2
import rpy2
import rpy2.robjects as robjects
# test : evaluating R code
robjects.r('''
# create a function `f`
f <- function(r, verbose=FALSE) {
if (verbose) {
cat("I am calling f().\n")
}
2 * pi * r
}
''')
r_f = robjects.r['f']
res = r_f(3)
print(res[0])
现在我可以导入> ---------------------------------------------------------------
> OSError Traceback (most recent call last)
> <ipython-input-27-b5597ba1add5> in <module>
> 1 import rpy2
> ----> 2 import rpy2.robjects as robjects
> 3 import itertools
> 4 from datetime import datetime
> 5 import rpy2.rinterface as rinterface
>
> c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py
> in <module>
> 14 import itertools
> 15 from datetime import datetime
> ---> 16 import rpy2.rinterface as rinterface
> 17 import rpy2.rlike.container as rlc
> 18
>
> c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py
> in <module>
> 44
> 45 if sys.platform == 'win32':
> ---> 46 _load_r_dll(R_HOME)
> 47
> 48 # cleanup the namespace
>
> c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py
> in _load_r_dll(r_home)
> 28 if r_bin not in os.environ.get('PATH'):
> 29 os.environ['PATH'] = ';'.join((os.environ.get('PATH'), r_bin, r_mod))
> ---> 30 ctypes.CDLL(r_dll)
> 31
> 32 R_HOME = get_r_home()
>
> c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\ctypes\__init__.py
> in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
> 362
> 363 if handle is None:
> --> 364 self._handle = _dlopen(self._name, mode)
> 365 else:
> 366 self._handle = handle
>
> OSError: [WinError 126] The specified module could not be found
,也可以导入rpy2
,但无法正确获取R sessionInfo()。还有什么想法吗?谢谢
期望的输出:
我只想使用rpy2.robjects
在jupyternotebook或python脚本中打印出R sessionInfo()?有什么解决办法可以做到这一点?有什么想法吗?非常感谢
我在Windows机器上遇到了同样的问题,因为没有将R安装路径添加到系统变量中,所以您遇到了这个问题。您应该执行以下操作:
打开rpy2
,打开Control Panel\System and Security\System
,找到Environment Variables
,然后选择System Variables
将Path
添加到系统变量。然后在您的python脚本中进行此设置:
C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x64
此问题可以立即解决您的问题。