如何从R中的fpr序列中获取特定的tpr？

Question

我想在指定的假阳性率下获得真正的阳性率，在fpr = 0,0.002,0.01时说，....是否有一种简单的方法可以做到这一点？我试过了

performance <- performance(rocr,"tpr","fpr") 
 [email protected][[1]]
 [email protected][[1]]

，我可以得到所有的fpr和tpr。我该怎么从这里开始？非常感谢！

Answer 1

做像TC Zhang suggests in comment这样的事情是行不通的：

tpr[which(fpr == yourfpr)]

这是因为，虽然它被称为“曲线”，但ROC曲线实际上是一组离散点，并且目标FPR与ROC曲线中的一个完全匹配的概率很低。

因此，您需要进行一些插值以在给定的FPR点获得TPR。幸运的是，pROC包为您做到了这一点（免责声明：我是pROC的作者）。所以假设您有以下ROC曲线：

library(pROC)
data(aSAH)
myroc <- roc(aSAH$outcome, aSAH$wfns)

首先，您需要将您的FPR率转换为pROC理解的特异性：

target.fpr <- c(0, 0.002, 0.01, 0.2, 0.1, 0.2, 1)
target.sp <- 1 - target.fpr

然后你使用coords函数：

coords(myroc, x = target.sp, input = "specificity", ret = c("se", "sp"))

这将目标特性作为输入，并将它们与匹配灵敏度一起返回，这些灵敏度等于您感兴趣的真实阳性率或TPR。要将TPR作为向量，请执行以下操作：

tpr <- coords(myroc, x = target.sp, input = "specificity", ret = "se")[1,]