我目前正在开展一个图像分割项目,其中包含来自ISBI-2012细分挑战的数据。我试图在这个链接上运行BeanShell脚本:https://imagej.net/Segmentation_evaluation_after_border_thinning_-_Script
在我自己预测的分割图像上。但是,我似乎无法用我的图像重现结果。
结果我得到了this。据我所知,生成的单元格标签必须采用某种格式,如ISBI-2012网站所述:
预计结果将作为32位TIFF 3D图像提交,其值在0(100%膜确定性)和1(100%非膜确定性)之间。
但是,我无法理解如何以这种格式保存我的图像。有什么方法可以解决这个问题吗?
您确实需要将图像转换为32位并使值位于[0.0 1.0]范围内。
您可以在第59行之后添加两行,在脚本中执行此操作:
IJ.run( proposedLabels, "32-bit", "" );
IJ.run( proposedLabels, "Enhance Contrast...", "saturated=0.3 normalize process_all");
地面实况图像应该是二进制的。