创建平滑线和置信区间的新手问题形成了ggplot2中的lmer模型

Question

[很抱歉，这是一个愚蠢的简单问题，但是我尝试了所有在网上找到的解决方案，但无济于事。这也是我在这里的第一篇文章，并且我尝试遵循有关格式的规则。可笑的是，我已经完全实现了我想要的目标，将绘图另存为png，然后几周后返回代码时，它无法正常工作，现在我无法复制已有的内容。

我试图在此处提供一些示例数据（从此网站借用一些虚构的数据–我希望可以）。>>

tempEf <- data.frame(
  N = rep(c("Nlow", "Nhigh"), each=300),
  Myc = rep(c("AM", "ECM"), each=150, times=2),
  TRTYEAR = runif(600, 1, 15),
  site = rep(c("A","B","C","D","E"), each=10, times=12),#5 sites
  Asp = runif(600, 1, 5)
)
# Make up some response data
tempEf$r <- 2*tempEf$TRTYEAR +                   
  -8*as.numeric(tempEf$Myc=="ECM") +
  4*as.numeric(tempEf$N=="Nlow") +
  0.1*tempEf$TRTYEAR * as.numeric(tempEf$N=="Nlow") +
  0.2*tempEf$TRTYEAR*as.numeric(tempEf$Myc=="ECM") +
  -11*as.numeric(tempEf$Myc=="ECM")*as.numeric(tempEf$N=="Nlow")+ 
  0.5*tempEf$TRTYEAR*as.numeric(tempEf$Myc=="ECM")*as.numeric(tempEf$N=="Nlow")+ 
  as.numeric(tempEf$site) +  #Random intercepts; intercepts will increase by 1
  tempEf$TRTYEAR/10*rnorm(600, mean=0, sd=2)    #Add some noise
#fit model
library(lme4)
model <- lmer(r ~ Myc * N + TRTYEAR + Asp + (1|site), data=tempEf)
tempEf$fit <- predict(model)   #Add model fits to dataframe
我的目标是：

1. 根据lmer模型计算拟合值和95％置信区间

2. 分别针对我的因变量（r）的2个级别的Myc绘制拟合值（fit），并根据Myc进行着色。就此图而言，我想忽略N和Asp（在我的实际数据中，这些是控制变量，在模型中很重要，但没有意义）

3. 将我的95％置信区间添加到这两行中

所有这些看起来都很简单，除了它做错了！

我在这里获得了拟合值和95％的置信区间，这给了我拟合度，upr和lwr：

predicted_EF<-predictInterval(model, tempEf)

然后我将它们添加到我的原始数据框中：

tempEf<-cbind(tempEf,predicted_EF)

然后我这样做：

ggplot(tempEf,aes(TRTYEAR, r, group=Myc, col=Myc )) + 
  geom_line(aes(y=fit, lty=Myc), size=0.8) +
  geom_point(alpha = 0.3) + 
  theme_bw()
这给了我锯齿状的线，如下所示：crappy graph

我可以使用geom_smooth而不是geom_line，它可以提供平滑的线条，但是我相信这是将线条拟合到原始数据，而不是模型拟合值？我还可以使用geom_abline为Myc的每个级别拟合单独的回归线（使用fit变量），但也不确定是否正确。

ggplot(tempEf,aes(TRTYEAR, r, group=Myc, col=Myc, fill = Myc)) + 
  geom_smooth(method="lm",se = FALSE)+
  geom_point(alpha = 0.3)+
  theme_bw()
然后尝试使用我的upr和lwr变量添加95％的置信区间会导致锯齿状的置信区：

ggplot(tempEf,aes(TRTYEAR, r, group=Myc, col=Myc, fill = Myc)) + 
  geom_smooth(method="lm",se = FALSE)+
  geom_point(alpha = 0.3) +
  geom_ribbon(alpha=0.1,
              aes(ymin=lwr,ymax=upr,fill = Myc, colour = NA))+
  theme_bw()
如何获得具有平滑置信区间的平滑线？我在做什么错（我敢肯定，很多！）。

谢谢您的帮助。

[很抱歉，这是一个愚蠢的简单问题，但是我尝试了所有在网上找到的解决方案，但无济于事。这也是我在这里的第一篇文章，我已经尝试遵循关于...

Answer 1

我认为这是有效图（或估计的边际均值）的“经典”任务。您可以使用ggeffects-package轻松完成此操作，网站上有很多示例。

Answer 2

ggeffects软件包看起来超级好，值得一试。为了回答有关为Myc的每个级别分别放置多行的问题，interaction调用中的ggplot(aes(group = ))函数始终是快速完成此操作的便捷工具。在您的情况下，您包括四个类别变量，其中一个按颜色编码。要拆分其他三个，以为每个（在每个子组下）给出直线和丝带：