使用ggarrange后将图例合并到ggplot中

Question

我有多个数据框，每个数据框来自 13 个站点，其中包含 90 个不同物种的平均丰度数据，按比例缩小后如下所示：

 site1<-data.frame(species = LETTERS[1:26], abundance = sample(x = 1:10, rep = TRUE, size = 26))
 site2<-data.frame(species = LETTERS[1:26], abundance = sample(x = 1:10, rep = TRUE, size = 26))
 site3<-data.frame(species = LETTERS[1:26], abundance = sample(x = 1:10, rep = TRUE, size = 26))
 site4<-data.frame(species = LETTERS[1:26], abundance = sample(x = 1:10, rep = TRUE, size = 26))  

我想要实现的是一个条形图网格，其中按降序排列每个地点前 10 个最丰富的物种。我用的：

 site1plot<-ggplot(head(site1,10), aes(x=reorder(species, - abundance), y=abundance, fill = species)) + geom_bar(stat="identity")
 site2plot<-ggplot(head(site2,10), aes(x=reorder(species, - abundance), y=abundance, fill = species)) + geom_bar(stat="identity")
 site3plot<-ggplot(head(site3,10), aes(x=reorder(species, - abundance), y=abundance, fill = species)) + geom_bar(stat="identity")
 site4plot<-ggplot(head(site4,10), aes(x=reorder(species, - abundance), y=abundance, fill = species)) + geom_bar(stat="identity")
 ggarrange(site1plot,site2plot,site3plot,site4plot, common.legend = TRUE, legend = "bottom")

我的问题是，因为不同的网站都有不同的前 10 个物种，图例并不适合所有物种，即使我可以使其包含所有物种，我需要图表对每个物种都有不同的颜色，具体取决于在订单上。如果我不做常见的图例，那么图表就会变得非常混乱，因为我有 13 个站点，并且将它们网格化并在每个站点下方都添加一个图例，这有点多了。我希望有一个简单的解决办法？非常感谢任何帮助！

我的问题是，排名前 10 的物种因地点而异，并且

Answer 1

要获得常见的图例，请设置填充比例的

limits=

以包括任何单个图中使用的所有物种：

set.seed(123)

library(ggplot2)
library(ggpubr)

site_data <- list(site1, site2, site3, site4) |>
  lapply(\(x) x[order(x$abundance), ] |> head(10))

# Get a list of all species used in any of the plots
limits_fill <- lapply(site_data, `[[`, "species") |>
  unlist() |>
  unique()

site_plots <- site_data |>
  lapply(\(x) {
    ggplot(
      x,
      aes(x = reorder(species, -abundance), y = abundance, fill = species)
    ) +
      geom_bar(stat = "identity", show.legend = TRUE) +
      scale_fill_discrete(limits = limits_fill)
  })

ggarrange(plotlist = site_plots, common.legend = TRUE, legend = "bottom")