Docker中的R，Python，rpy2和drc软件包

Question

我正在尝试构建docker映像以执行python过程，该过程从r调用（使用rpy2）程序包drc。

我正在使用amazonlinux docker映像并使用drc，我有以下几行内容通过conda安装它：

RUN conda install -c r rpy2=2.9.4 --yes
RUN conda install -c conda-forge r-drc=3.0_1 --yes

使用图像构建，我使用以下命令进入正在运行的容器：

docker run -it --entrypoint bash mydockerName

[当我通过R输入R时，它抛出下一个错误：

Error: package or namespace load failed for 'utils':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
Error: package or namespace load failed for 'stats':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
During startup - Warning messages:
1: package 'utils' in options("defaultPackages") was not found
2: package 'stats' in options("defaultPackages") was not found

我过去几天一直在搜索，但我没有可能的解决方法...

非常感谢！

Xevi

Answer 1

rpy2项目的图像可能构成起点。但是conda未使用。https://github.com/rpy2/rpy2-docker

如果需要conda，请查看例如jupyter项目管理的图像。