我想将表格中一列中的信息分成 3 个单独的列

Question

比如我的表格有一列是这样的

HGVS.Consequence
    Lys10Arg
    Lys10Lys
    LeullLeu
    Phe12Ser
    Phe12Cys
    lle13Leu
    lle13Val
    lle13Phe
    Thr15Pro

我想要一张这样的桌子。

Mutation  Ref  Change Position
lle13Val  lle   Val      13
lle13Phe  lle   Phe      13
Thr15Pro  Thr   Pro      15

Answer 1

代码

这是带有

substr

的基本 R 方式。

sepfun <- function(x){
  s1 <- substr(x, 1, 3)
  s2 <- substr(x, 4, 5)
  s3 <- substring(x, 6)
  y <- do.call(cbind.data.frame, list(s1, s3, s2))
  names(y) <- c("Ref", "Change", "Position")
  cbind(Mutation = x, y)
}

sepfun(df1$HGVS.Consequence)
#>   Mutation Ref Change Position
#> 1 Lys10Arg Lys    Arg       10
#> 2 Lys10Lys Lys    Lys       10
#> 3 LeullLeu Leu    Leu       ll
#> 4 Phe12Ser Phe    Ser       12
#> 5 Phe12Cys Phe    Cys       12
#> 6 lle13Leu lle    Leu       13
#> 7 lle13Val lle    Val       13
#> 8 lle13Phe lle    Phe       13
#> 9 Thr15Pro Thr    Pro       15

^{由 reprex 包于 2022 年 2 月 13 日创建（v2.0.1）}

数据

HGVS.Consequence<-scan(text = '
Lys10Arg
Lys10Lys
LeullLeu
Phe12Ser
Phe12Cys
lle13Leu
lle13Val
lle13Phe
Thr15Pro
', sep = "\n", what = character())
df1 <- data.frame(HGVS.Consequence)

^{由 reprex 包于 2022 年 2 月 13 日创建（v2.0.1）}

Answer 2

tidyr::extract(df, HGVS.Consequence, 
     c('Ref', 'Position', 'Change'), '(\\D+)(\\d+)(\\D+)', remove = FALSE)

Answer 3

使用

tidyr::separate

并用

dplyr

整理顺序/名称：

tidyr::separate(data   = df, 
                col    = HGVS.Consequence, 
                into   = c("Ref", "Position", "Change"), 
                sep    = c(3, 5, 8), 
                remove = FALSE) |>
  dplyr::select(1, 2, 4, 3) |>
  dplyr::rename(mutation = HGVS.Consequence)

#>   mutation Ref Change Position
#> 1 Lys10Arg Lys    Arg       10
#> 2 Lys10Lys Lys    Lys       10
#> 3 LeullLeu Leu    Leu       ll
#> 4 Phe12Ser Phe    Ser       12
#> 5 Phe12Cys Phe    Cys       12
#> 6 lle13Leu lle    Leu       13
#> 7 lle13Val lle    Val       13
#> 8 lle13Phe lle    Phe       13
#> 9 Thr15Pro Thr    Pro       15