Biopython：如何下载NCBI中的所有肽序列（或与特定术语相关的所有记录）？

Question

我想以fasta格式下载NCBI蛋白质数据库中的所有肽序列（即>和肽名称，后接肽序列），我看到有一个MESH术语描述了什么是肽here，但是我不知道如何将其合并。

我写了这个：

import Bio
from Bio import Entrez

Entrez.email = '[email protected]'
handle = Entrez.esearch(db="protein", term="peptide")
record = handle.read()
out_handle = open('myfasta.fasta', 'w')
out_handle.write(record.rstrip('\n'))

但是它只打印出995个ID，没有要提交的序列，我想知道是否有人可以证明我要去哪里。

Answer 1

请注意，a search for the term peptide in the NCBI protein database returns 8187908 hits，因此请确保您确实要将所有这些匹配的肽序列下载到一个大的fasta文件中。