在 R 中调试通用函数

Question

如何调试通用函数（使用 debug 或 debug 包中的 mtrace）？

举个例子，我想调试NADA包中的cenreg，特别是需要公式输入的方法。

您可以像这样检索方法详细信息：

library(NADA)
getMethod("cenreg", c("formula", "missing", "missing"))

function (obs, censored, groups, ...) 
{
    .local <- function (obs, censored, groups, dist, conf.int = 0.95, 
        ...) 
    {
        dist = ifelse(missing(dist), "lognormal", dist)

...
}

问题是 cenreg 本身看起来像这样：

body(cenreg)
# standardGeneric("cenreg")

我不知道如何逐步执行底层方法，而不是通用包装器。

Answer 1

长期以来，这是 S4 方法调试的标准烦恼点。正如 Charles Plessy 所指出的，我与 Michael Lawrence 合作向 R 添加了许多功能，旨在使这一切变得更容易。

debug

、

debugonce

、

undebug

和

isdebugged

现在都采用适合指定 s4 方法的签名参数。此外，以这种方式调试 S4 方法可以绕过以前必须通过

browser

手动处理的奇怪实现细节，通过

trace

进入方法，单步执行

.local

定义，进行调试，然后继续。

此外，我还添加了

debugcall

，您可以进行想要调用的实际完整调用。这样做会在第一个闭包上设置调试，在评估不是 S3 或 S4 标准泛型的调用时将调用该闭包。因此，如果您调用非泛型，则只会调用顶级函数，但如果它是标准 S3 或 S4 泛型，则将调试第一个被调用的方法，而不是泛型。 “标准 S3 泛型”被定义为一个函数，其中函数体中的第一个顶级（忽略大括号）调用是对 UseMethod 的调用。 注意，我们在设计上反复考虑，但最终决定

debugcall

不

实际执行正在调试的函数调用，但它返回调用表达式，您可以将其传递给eval如果需要，如

?debugcall

所示。

Answer 2

try()

中（经常提供有关 S4 类的更多信息）和 (2) 在抛出错误后调用

traceback()

（有时可以给出提示）到问题真正发生的地方）。在这种情况下调用

debug()

没有帮助，因此您需要使用

trace

或

browser

。从调试帮助页面：

"In order to debug S4 methods (see Methods), you need to use trace, typically 
calling browser, e.g., as "
  trace("plot", browser, exit=browser, signature = c("track", "missing")) 

中四课程可能很难相处；其中一个示例是 

debug 包

 文档中的注释（关于 

mtrace() 与 S4 类的使用）：

"I have no plans to write S4 methods, and hope not to have to
debug other people’s!"

最近在 R-Help

上提出了

类似的问题。邓肯·默多克的推荐：

"You can insert a call to browser() if you want to modify the source.  If
you'd rather not do that, you can use trace() to set a breakpoint in it.
The new setBreakpoint() function in R 2.10.0 will also work, if you
install the package from source with the R_KEEP_PKG_SOURCE=yes
environment variable set.  It allows you to set a breakpoint at a
particular line number in the source code."

我自己之前从未这样做过（并且需要 R 2.10.0），但您可以尝试使用 

R_KEEP_PKG_SOURCE=yes

从源代码安装。

顺便说一句，你可以使用github中NADA

的

CRAN镜像来浏览源码。