无法使用 HDF5，因为它是由不同版本的 GNU Fortran 创建的

Question

我对 HDF5 和 Fortran 90 都很陌生。我正在尝试编译一个无需 HDF5 也能正常运行的程序。我在网上发现我需要使用命令

h5fc -show

中的标志，输出是这样的

x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gfortran -I/home/tmph/anaconda3/include -L/home/tmph/anaconda3/lib /home/tmph/anaconda3/lib/libhdf5hl_fortran.a /home/tmph/anaconda3/lib/libhdf5_hl.a /home/tmph/anaconda3/lib/libhdf5_fortran.a /home/tmph/anaconda3/lib/libhdf5.a -L/home/tmph/anaconda3/lib -Wl,-O2 -Wl,--sort-common -Wl,--根据需要 -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -Wl,--disable-new-dtags -Wl,-rpath,/home/tmph /anaconda3/lib -L/home/tmph/anaconda3/lib -lrt -lpthread -lz -ldl -lm -Wl,-rpath -Wl,/home/tmph/anaconda3/lib

（我的大部分日常工作实际上都是用 Python 进行的，因此使用 anaconda3）

我尝试编译

[...]
LDLIBS=-lhdf5_fortran -lhdf5 
LDINC=-I/home/tmph/anaconda3/include
LDFLAGS=-L/home/tmph/anaconda3/lib

$(OBJ_DIR)%.o: $(SRC_DIR)%.F90
    $(FC) $(FCFLAGS) $(LDINC) -c $< -J $(SRC_DIR) -o $@

exec: $(SOURCE_OBJECTS) $(MAIN_OBJECT)
    $(LC) $(FCFLAGS) $(LDINC) -o $(exec_name) $^ $(LDFLAGS) $(LDLIBS)

但是我遇到了错误

12 |使用HDF5 | 1 致命错误：无法读取在 (1) 打开的模块文件“/home/tmph/anaconda3/include/hdf5.mod”，因为它是 由不同版本的 GNU Fortran 编译创建的内容已终止。

当我运行

gfortran --version

我得到输出

GNU Fortran (GCC) 10.2.0 版权所有 (C) 2020 自由软件基金会， Inc. 这是免费软件；请参阅复制条件的来源。 没有保修；甚至不考虑适销性或适用性 特定目的。

但我不知道如何检查 anaconda 中的 hdf5.mod 文件使用的版本。它来自 Anaconda 是否有问题？我需要安装另一个吗？如果是这样，怎么办？我必须以某种方式重建模块（这会弄乱一些 python 包）吗？也许我需要使用更多的标志？ （我使用了我认为有意义的那些，并且与我在 github 上找到的 makefile 类似，例如这个）

我也尝试修改一个示例Makefile，但是我没有我知道的这样的libz.a或libsz.a，最后我得到了同样的错误。

我正在运行 Manjaro，以防万一。我还尝试使用

pacman -S hdf5

安装 HDF5，它可以工作，但没有改变任何东西。

编辑：事实证明，当您安装Anaconda时，它会将acanconda3/bin添加到路径的前面。其中包含 h5fc 的过时版本，这就是混乱的根源。如果我使用 /usr/bin/h5fc 的输出，那么编译运行不会出现任何问题。

Answer 1

虽然我的解决方案有点通用，但我在这里写这篇文章是因为我遇到了类似的问题，并且无法通过 HDF5 安装和 Fortran 版本不匹配快速找到解决方案。

做

make clean && make distclean

和

autoreconf -ivf

对我来说很有效。

Answer 2

标志不能解决这个问题。您需要对程序中的所有模块使用相同版本的 gfortran。如果您想保留您的 HFD 版本，您需要获得相同的 gfortran 版本。

您可以通过读取文件的第一行并读取模块编号来找到

.mod

文件的 gfortran 版本。然后您可以继续查看此处的表格是否可以确定哪个 Fortran 编译器生成了“.mod”文件？