计算字符串python中的核苷酸

Question

下午好。我目前正在使用 Python 学习生物信息学，但遇到了障碍。

我正在尝试正确的代码来计算字符串中的核苷酸数量。这是我到目前为止使用过的代码：

DNA = "ACgttGTcgtTTgaCCGacACCGGTTAACCGGTACGGTAACAAGGTTTAGGTA" 

DNA_nucs = {'A':0, 'C':0, 'G':0, 'T':0}

for nucs in DNA:
    DNA_nucs[nucs]+=1
    print(DNA_nucs)

我还得数小写字母。试图弄清楚如何在此处使用 .upper 属性。谢谢你。

Answer 1

不要手动计算字符数，使用

collections.Counter

（这在一开始就很好学，Pythonic 的做事方式）：

from collections import Counter

DNA = "ACgttGTcgtTTgaCCGacACCGGTTAACCGGTACGGTAACAAGGTTTAGGTA"

c = Counter(DNA.upper())
print(c)

打印：

Counter({'G': 15, 'T': 14, 'A': 13, 'C': 11})