我有一个大问题。我正在处理.gro文件，它看起来像这样：
1BGL C5 1 2.636 14.120 1.951 -0.0345 -0.8088 -0.2809 1BGL H5 2 2.573 14.031 1.945 0.1969 -1.0999 1.1792 1BGL O5 3 2.567 14.198 1.847 -1.0918 -0.2789 -0.0370 1BGL C1 4 2.644 14.307 1.793 -0.3029 -0.4378 -0.4234 1BGL H1 5 2.600 14.360 1.709 1.4710 0.2783 -0.9469 1BGL C2 6 2.794 14.277 1.750 0.2264 0.3957 0.6673 1BGL H2 7 2.855 14.363 1.723 0.7219 0.1907 1.1240 1BGL O2 8 2.787 14.184 1.640 -0.1728 -0.5002 -0.0302 1BGL HO2 9 2.788 14.247 1.569 1.3442 -0.4575 0.0054 1BGL C3 10 2.868 14.205 1.867 0.4088 0.4514 0.0495 1BGL H3 11 2.962 14.157 1.840 0.0154 -2.1311 2.8580 1BGL O3 12 2.901 14.298 1.973 0.0978 0.1123 -0.2596 1BGL HO3 13 2.942 14.246 2.040 -1.2865 3.4404 3.5009 1BGL C4 14 2.783 14.089 1.918 0.6092 0.5852 -0.0412 1BGL H4 15 2.786 14.021 1.832 0.7162 -0.0675 0.4699 1BGL O4 16 2.854 14.040 2.031 0.3832 -0.0763 -0.6561当我使用awk时，它看起来像
1BGL C5 1 2.636 14.120 1.951 -0.0345 -0.8088 -0.2809 1BGL H5 2 2.573 14.031 1.945 0.1969 -1.0999 1.1792 1BGL O5 3 2.567 14.198 1.847 -1.0918 -0.2789 -0.0370 1BGL C1 4 2.644 14.307 1.793 -0.3029 -0.4378 -0.4234 1BGL H1 5 2.600 14.360 1.709 1.4710 0.2783 -0.9469 1BGL C2 6 2.794 14.277 1.750 0.2264 0.3957 0.6673 1BGL H2 7 2.855 14.363 1.723 0.7219 0.1907 1.1240 1BGL O2 8 2.787 14.184 1.640 -0.1728 -0.5002 -0.0302 1BGL HO2 9 2.788 14.247 1.569 1.3442 -0.4575 0.0054 1BGL C3 10 2.868 14.205 1.867 0.4088 0.4514 0.0495 1BGL H3 11 2.962 14.157 1.840 0.0154 -2.1311 2.8580 1BGL O3 12 2.901 14.298 1.973 0.0978 0.1123 -0.2596 1BGL HO3 13 2.942 14.246 2.040 -1.2865 3.4404 3.5009 1BGL C4 14 2.783 14.089 1.918 0.6092 0.5852 -0.0412 1BGL H4 15 2.786 14.021 1.832 0.7162 -0.0675 0.4699 1BGL O4 16 2.854 14.040 2.031 0.3832 -0.0763 -0.6561您可以在这里阅读有关内容http://manual.gromacs.org/archive/5.0.4/online/gro.html
此格式是固定的，即所有列均处于固定位置。 （可选）（目前仅限于trjconv），您可以编写具有任意小数位数的gro文件，然后格式将是n + 5个具有n个小数位数的位置（速度为n + 1个），而不是8个与3个（带有4个）速度）。读取时，将从小数点之间的距离（n + 5）推断出精度。列包含以下信息（从左到右）：
residue number (5 positions, integer) residue name (5 characters) atom name (5 characters) atom number (5 positions, integer) position (in nm, x y z in 3 columns, each 8 positions with 3 decimal places) velocity (in nm/ps (or km/s), x y z in 3 columns, each 8 positions with 4 decimal places)请注意，单独的分子或离子（例如水或Cl-）被视为残基。如果要在不使用GROMACS库的情况下在自己的程序中写入这样的文件，则可以使用以下格式：
C格式“％5d％-5s％5s％5d％8.3f％8.3f％8.3f％8.4f％8.4f％8.4f”
所以我想在使用awk之后在列之间保持适当的间距。是否可以像在C中那样使用printf（“％8i％6 i”，column1，column2）来做到这一点？
例如，我使用该脚本
#!/bin/bash awk ' FNR==1{ ++count value=count"BGL" } { $1=value } 1 FNR%3==0{ ++count value=count"BGL" } ' after_SOL.gro | tee after_SOL2.gro我输入的片段
1BGL C5 1 2.636 14.120 1.951 -0.0345 -0.8088 -0.2809 1BGL H5 2 2.573 14.031 1.945 0.1969 -1.0999 1.1792 1BGL O5 3 2.567 14.198 1.847 -1.0918 -0.2789 -0.0370 1BGL C5 130 6.603 15.918 1.894 -0.6780 0.4970 -0.5245 1BGL H5 131 6.632 15.913 1.999 0.6027 -3.0418 -0.9360 1BGL O5 132 6.497 16.023 1.909 -1.1935 0.9474 -0.2080 1BGL C5 259 5.066 8.182 0.249 -0.2465 -0.7831 -0.0006 1BGL H5 260 5.085 8.166 0.355 2.0262 -0.0662 -0.2570 1BGL O5 261 5.080 8.322 0.226 -0.6550 -0.0725 -0.0582和我的输出
1BGL C5 1 2.636 14.120 1.951 -0.0345 -0.8088 -0.2809 1BGL H5 2 2.573 14.031 1.945 0.1969 -1.0999 1.1792 1BGL O5 3 2.567 14.198 1.847 -1.0918 -0.2789 -0.0370 2BGL C5 130 6.603 15.918 1.894 -0.6780 0.4970 -0.5245 2BGL H5 131 6.632 15.913 1.999 0.6027 -3.0418 -0.9360 2BGL O5 132 6.497 16.023 1.909 -1.1935 0.9474 -0.2080 3BGL C5 259 5.066 8.182 0.249 -0.2465 -0.7831 -0.0006 3BGL H5 260 5.085 8.166 0.355 2.0262 -0.0662 -0.2570 3BGL O5 261 5.080 8.322 0.226 -0.6550 -0.0725 -0.0582无法在GROMACS程序中使用该文件，因为它在列之间需要适当的空间
我有一个大问题。我正在处理.gro文件，该文件如下所示：1BGL C5 1 2.636 14.120 1.951 -0.0345 -0.8088 -0.2809 1BGL H5 2 2.573 14.031 1.945 0.1969 -1 ....
您发布的脚本不会产生您发布的输出，但是如果发布了，这就是您将其更改为：