无法安装pysam 0.13

Question

我一直未能在macOS High Sierra上安装pysam 0.13。总结我的两个错误：

htslib/htslib/hts.h:142:9: error: missing ',' between enumerators
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
        ^
        ,  htslib/htslib/hts.h:142:29: error: expected '= constant-expression' or end of
      enumerator definition
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
                        ^

产生了2个错误。

错误：命令'gcc'失败，退出状态为1

有什么想法怎么办？

Answer 1

有时软件需要修改（补丁）才能在特定的操作系统上运行。或者，如果安装了较旧的头文件，则无法构建。或者它需要一个不同的编译器。

由于您的系统（macOS）缺乏良好的本机包管理，我建议您使用具有自己的包管理器的Python发行版，例如anaconda。

这样的发行版有很多预编译的包（比如pysam）。它们可以为您节省大量时间。

Answer 2

其实我解决了所以问题是htslib。解决：

export HTSLIB_LIBRARY_DIR=/usr/local/lib
export HTSLIB_INCLUDE_DIR=/usr/local/include
pip install pysam

问题是相同目录中的矛盾htslib库。