错误：安装 R 依赖包时未找到 gdal-config，而 gdal 已安装

Question

请指出我遗漏的地方：

openSUSE 11.3

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> sudo R CMD INSTALL rgdal_0.7-12.tar.gz 
root's password:
* installing to library ‘/usr/lib64/R/library’
* installing *source* package ‘rgdal’ ...
** package ‘rgdal’ successfully unpacked and MD5 sums checked
configure: gdal-config: gdal-config
checking gdal-config usability... ./configure: line 1353: gdal-config: command not found
no
Error: gdal-config not found
The gdal-config script distributed with GDAL could not be found.
If you have not installed the GDAL libraries, you can
download the source from  http://www.gdal.org/
If you have installed the GDAL libraries, then make sure that
gdal-config is in your path. Try typing gdal-config at a
shell prompt and see if it runs. If not, use:
 --configure-args='--with-gdal-config=/usr/local/bin/gdal-config'
with appropriate values for your installation.

ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/rgdal’

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> whereis gdal-config
gdal-config: /usr/local/bin/gdal-config

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> gdal-config 
Usage: gdal-config [OPTIONS]
Options:
 [--prefix[=DIR]]
 [--libs]
 [--dep-libs]
 [--cflags]
 [--datadir]
 [--version]
 [--ogr-enabled]
 [--formats]
 xx@linux-y3pi:~/Desktop/R>

> sessionInfo()
R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
>

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> gdal-config --version
1.9.0

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> proj
Rel. 4.8.0, 6 March 2012
usage: proj [ -beEfiIlormsStTvVwW [args] ] [ +opts[=arg] ] [ files ]

linux-y3pi:~ # $PATH
bash: /home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin/:/home/xx/qtsdk-2010.05/bin:/home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin:/home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin/:/home/xx/qtsdk-2010.05/bin:/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin:/home/xx/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/X11R6/bin:/usr/games: No such file or directory

Answer 1

在 Ubuntu 18.04 中

我通过

sudo apt install libgdal-dev

解决了这个问题希望有人觉得这有帮助。上面的一些答案似乎已经过时且冗长。

在早期版本中（有 apt-get）

sudo apt-get install libgdal-dev

Answer 2

除了

部署

的普通包之外，您还需要带有标头和共享库链接的-dev包来进行开发。就发行版而言，有两种不同的用例。

在我的发行版上：

edd@max:/tmp$ dpkg -l | grep gdal | cut -c-72
ii  libgdal1-1.7.0                                1.7.3-6ubuntu3        
ii  libgdal1-dev                                  1.7.3-6ubuntu3        
edd@max:/tmp$

和

R CMD INSTALL rgdal_0.7-8.tar.gz

工作得很好，正如您对 CRAN 包所期望的那样，考虑到 CRAN 上的所有构建时检查。

2016 年末更新： 正如@JoshO'Brien 在评论中指出的那样

小更新：2016 年，运行 Ubuntu 14.04.2，
libgdal1h
似乎已替换
libgdal1
（尽管仍需要
libgdal1-dev
）。至少当我尝试
apt-get install libgdal1
时，我收到了这样的错误

对于 Ubuntu 16.04，相应的行是

sudo apt-get install libgdal1i

这种上游库的重命名很常见；诸如

apt-cache search libgdal

之类的东西可以帮助找到当前的包名称。但重要的关键是“抽象”开发包

libgdal-dev

是构建所需的全部，因为它通过依赖项拉入“具体”当前运行时包（此处：

libgdal1i

）。

Answer 3

您可以使用 apt-file 包来查找哪个包包含您要查找的丢失文件。

首先使用命令 apt-get install apt-file 安装

apt-file

使用命令 apt-file update 更新

apt-file

现在您可以使用 apt-file 来查找丢失的文件。

 apt-file search gdal-config

对于我的情况，我在从 svn 配置gras-7.1 时遇到了同样的错误。如下图：

$ ./configure
...more...
checking whether to use GDAL... yes
checking for gdal-config... /usr/bin/gdal-config
              ...more....
./configure: 1: ./configure: /usr/bin/gdal-config: not found
./configure: 6093: test: =: unexpected operator
configure: error: *** Unable to locate GDAL library.

但是，在使用 apt-file 查找 gdal-config 文件（如下所示）后，我能够在安装软件包 libgdal1-dev

后解决该错误

$ apt-file search gdal-config

结果

libgdal1-dev: /usr/bin/gdal-config

所以我安装了libgdal1-dev，如下图：

$ sudo apt-get install libgdal1-dev

Answer 4

发生这种情况是因为包“rgdal”配置失败所以我们必须安装必要的依赖项。

需要 libgdal-dev 和 libproj-dev 软件包：

sudo apt-get install gdal-bin proj-bin libgdal-dev libproj-dev

然后通过

安装rgdal

install.packages("rgdal")

通过

加载 rgdal

library(rgdal)

Answer 5

在 macOS

brew install gdal

删除了错误

gdal-config 未找到

Answer 6

在 CentOS 6 上试试这个

sudo yum install gdal gdal-python gdal-devel mapserver mapserver-python libxml2 libxml2-python python-lxml python-pip python-devel gcc

Answer 7

阅读参考手册。

从源代码构建的系统要求：GDAL >= 1.6.0 库来自 http://trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSource 和 PROJ.4（项目 >= 4.4.9) 来自 http://trac.osgeo.org/proj/;

Answer 8

即使在

brew install gdal

之后，我的Mac Monterrey仍然继续抱怨。

这个 github 问题中的建议确实起到了作用

install.packages("sf", type = "source", configure.args = 
'--with-gdal-lib=/opt/homebrew/opt/gdal/lib/ 
--with-sqlite3-lib=/opt/homebrew/opt/sqlite/lib/ 
--with-gdal-config=/opt/homebrew/bin/gdal-config
--with-proj-share=/opt/homebrew/opt/proj/share/ 
--with-proj-lib=/opt/homebrew/opt/proj/lib 
--with-proj-include=/opt/homebrew/opt/proj/include/
--with-geos-config=/opt/homebrew/opt/geos/bin/geos-config')

Answer 9

今天在我没有管理权限的 Linux CentOS 6.10 上也出现了同样的问题。

我做了什么：

a) 创建专用于我的 R 版本的 conda 环境

conda create --name MYR

b) 激活环境

source activate MYR

c) 安装 R

conda install -c conda-forge r-base

d) 安装 libgdal

conda install -c conda-forge libgdal

这解决了我的问题。我的 R 版本是 4.1.3。我想其他版本应该可以工作。

Answer 10

对于 manjora 或 archlinux，只需尝试：

yay -S gdal

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