尺寸坐标具有填充值，因此值重复

Question

我从同事那里收到了一些数据文件（NetCDF），我试图将这些文件连接成一个文件，这样我就可以用以前的一些脚本运行它了。问题是我收到的NetCDF文件的尺寸为“高度”，填充值为1e20。当我在文件上尝试几乎任何xarray操作时，这会导致错误，因为维度坐标中有重复的值。

以下是其中一个文件的信息（您可以在“高度”坐标的最终值中看到重复值）：

<xarray.Dataset> Dimensions:  (height: 1061) 
Coordinates:   * height   (height) float64 0.0 10.0 20.0 30.0 ... 1e+20 1e+20 1e+20 1e+20 
Data variables:
            pres     (height) float32 ...
            tdry     (height) float32 ...
            rh       (height) float32 ...
            u_wind   (height) float32 ...
            v_wind   (height) float32 ...
            mr       (height) float32 ...
            theta    (height) float32 ...
            theta_e  (height) float32 ...
            theta_v  (height) float32 ...
            lat      (height) float32 ...
            lon      (height) float32 ...
            alt      (height) float32 ...
            wdir     (height) float32 ...

我认为可能重新索引到一个没有填充值的新索引可能会有所帮助，但我也无法做到这一点，因为错误再次弹出：

ValueError: cannot reindex or align along dimension 'height' because the index has duplicate values

如果有人可以帮助我，这将是一个很大的帮助！我一直在努力解决这个问题，但也许解决方案非常简单，我的初学者的状态在这里并没有真正的帮助。 ：/

Answer 1

这不是一个python解决方案，但我想知道CDO或NCO是否可能无法帮助您更轻松/更快地解决这个问题？

如果文件是不同的时间你可以尝试

cdo mergetime input_t*.nc output.nc 

（*名称的通配符）

更一般地说，你可以尝试cat文件：

cdo cat input_t*.nc output.nc 

我不确定cdo将如何处理丢失的高度坐标

您还可以在nco中附加文件

ncks -A appended_file.nc target_file.nc 

不确定这些解决方案中哪些（如果有的话）可行，但我希望有人可以提供帮助。

Answer 2

如何删除this post中建议的重复条目？

即使坐标有重复的条目，.isel方法也应该有效。以下脚本可能有效

_, index = np.unique(ds['time'], return_index=True)
ds.isel(time=index)