使用knitr为R代码添加行号

Question

我想知道是否有任何功能将line numbers与knitr放在.Rnw。我找到了this discussion和一些文件（现在从网上删除）但找不到放置行号的方法。

Answer 1

此解决方案使用LaTeX列表包来创建行号。我只能通过累积所有代码块来让它们工作，但我想有一个类似的解决方案，它将枚举每个块中的行。这是.Rnw来源：

\documentclass{article}
\usepackage{listings}
\begin{document}

<<setup, echo=FALSE>>=
knit_hooks$set(source = function(x, options) {
    paste("\\begin{lstlisting}[numbers=left, firstnumber=last]\n", x, 
        "\\end{lstlisting}\n", sep = "")
})
@

<<a, results='hold'>>=
1:2
3:4
5:6
@

<<b>>=
"test1"
"test2"
"test3"
@

\end{document}

关键部分是源钩which is basically copied from here。 firstnumber=last告诉列表在列表中累积行号。没有它，所有行都编号为1，因为knitr将每个代码行放在它自己的列表中。

这是结果：

如果您希望每个代码块从1开始编号，请添加一个钩子来重置计数器：

knit_hooks$set(reset = function(before, options, envir){
if(before){
    return("\\setcounter{lstnumber}{1}")
}
})

然后使用reset=TRUE激活你想要的每个块中的钩子：

<<a, results='hold', reset=TRUE>>=
1:2
3:4
@

Answer 2

当使用带有Lyx或Latex的knitr时，我发现将lineno包添加到pre-amble的文档然后用\internallinenumbers \resetlinenumber[13]封装块是有帮助的。

这是一个最小的例子：

\usepackage{lineno}

然后在正文中，在代码块之前添加以下内容：

{\internallinenumbers \resetlinenumber[13]

然后在代码块之后：

}

使用LyX（我用于快速生成LaTeX），我只需转到文档菜单，然后选择Settings-> LaTeX Preamble，然后添加\usepackage{lineno}，单击Apply，OK，然后关闭。然后在我的代码块之前的主文档中，通过单击“TEX”按钮菜单按钮或按键盘上的“Ctrl + L”插入LaTeX源。然后我粘贴在{\internallinenumbers \resetlinenumber[13]。最后，我将光标放在代码块之后，并执行相同的操作。只有我用花括号关闭行编号：}。

这是一个最小的例子，当代码到位时粘贴在下面：

\documentclass[english]{article}
\usepackage{lineno}
\begin{document}
First line in main document before code chunk.

{\internallinenumbers \resetlinenumber[13]

<<CodeBlock1, highlight=TRUE, eval=FALSE, size="small">>=
x<-rnorm(10)
mean(x)
@
}
\end{document}

Answer 3

要在HTML中使用，您可以设置块选项class.source以将自定义css传递给输出：

```{r class.source = c("numCode", "R", "numberLines")}
# your code
```