对于特拉维斯建设安装Python和R'

Question

我一直在R包，它通过一个简单的服务器脚本和套接字连接使用Python接口。我可以测试我自己的机器就好了，但我想，以测试它在特拉维斯建设，以及（我不想去通过建立一个Linux VM的努力）。要做到这一点，我需要一个Python安装，我可以传递的路径，在我的[R封装测试，使用的端口号。

我见过this answer提示安装多个Python的构建是可能的，但我不知道如何处理

1. 指定对所述Python可执行程序的路径（S）（S）
2. 选择适合的测试端口号。还应当指出的是，我使用了Python“服务器”的Python脚本使用“本地主机”。

是否有可能做我想做的特拉维斯什么？我想与特拉维斯做到这一点？

编辑这里是我的特拉维斯配置：

language: r
r:
  - release
  - devel
cache: packages
sudo: false

matrix:
  include:
    - python:2.7
    - python:3.6

# Be strict when checking our package
warnings_are_errors: true

# System dependencies for HTTP calling
r_binary_packages:
 - jsonlite
 - R6

这里是我的[R包的例子：

pypath = Sys.which('python') 
if(nchar(pypath) > 0) {
  py = PythonEnv$new(port = 6011, path = pypath)
  py$start
  py$running
  py$set(a = 5)
  py$get('a')
  py$stop
} else {
  message("No Python environment available")
}

我的例子肯定是找到一个Python的路径，但失败，出现错误

在警告SocketConnection处（口=自我$端口，开放= “R +”，阻断= TRUE，：本地主机：6011无法打开

SocketConnection处错误（端口=自我$端口，开放= “R +”，阻断= TRUE，： 无法打开连接

我用另一个端口进行测试这一点，并会出现同样的错误。

编辑2

我也与主机127.0.0.1和0.0.0.0但没有骰子尝试过。据特拉维斯文档，这应该工作...也许是一个问题的R容器？

Answer 1

这里是一个travis.yml我用我pyrle包。它只是安装[R usinq Ubuntu的软件包管理器：

language: python
python:
  - "3.6"
install:
  - pip install cython pytest hypothesis
  - sudo apt-get install -y r-base
  - echo 'source("https://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("S4Vectors"); biocLite("GenomicRanges")' > install.R
  - python setup.py install

script:
  - py.test tests/

另一种方式是通过畅达来安装R。下面是从pyranges包的示例：

# Stolen from http://conda.pydata.org/docs/travis.html
language: python
python:
  # We don't actually use the Travis Python, but this keeps it organized.
  - "3.6"
install:
  - sudo apt-get update
  # We do this conditionally because it saves us some downloading if the
  # version is the same.
  - wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh;
  - bash miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda
  - export PATH="$HOME/miniconda/bin:$PATH"
  - hash -r
  - conda config --set always_yes yes --set changeps1 no
  - conda update -q conda
  - conda config --add channels bioconda
  - conda config --add channels r
  # Useful for debugging any issues with conda
  - conda info -a
  - conda create -q -n test-environment python=$TRAVIS_PYTHON_VERSION numpy scipy pandas pytest pytest-cov cython tabulate hypothesis bedtools # ray
  - source activate test-environment
  - python setup.py install # will install ncls
  - python --version
  - python -c 'import pandas as pd; print(pd.__version__)'
  - ls tests

script: py.test -v tests # verbose to see that tests run and so that travis does not time out on hypothesis tests

Answer 2

你的问题标题和问题，身体有很大的不同。

关于蟒蛇+ R问题

同样以The Unfun Cat's answer它采用特拉维斯安装Python和安装R 2与容易，你可以用特拉维斯的R和用apt安装python：

language: r
install:
  - sudo apt-get install -y python2.7 python3.6

需要注意的是特拉维斯也has an apt addon使你.yaml一点清洁剂（但可以说的可移植性）。

language: r
addons:
  apt:
    packages:
    - python2.7
    - python3.6

安装应该可以访问不同的Python版本Sys.which为python2.7和python3.6，而不是仅仅“蟒蛇”。 which python将返回安装，否则最后的版本最后安装的python2*。

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关于网络问题

有许多的原因，您可能无法建立连接。一个常见的原因是该端口已在使用。端口6011有时会被X窗口系统（ref），所以有可能的特拉维斯的服务，一个正在使用它。

使用this reference on how to check for used ports你可以尝试添加类似

sudo lsof -i -P -n | grep LISTEN | grep 6011

您travis.yaml这样你就可以在日志中查看是否使用的端口。您也可以尝试在你的脚本不同的未使用的端口号。

我确实发现this github comment引用有R特别类似的问题;你或许可以找到更多的在那里。