带对角线的热图

Question

我正在尝试从对角线为1的距离矩阵制作热图。实际上，距离矩阵是余弦相似度。我用“factoextra”R 包中的 fviz_dist 绘制了这个矩阵。我想出了这个情节。

余弦相似度矩阵

如你所见，对角线表示值0。但在余弦相似度中，对角线为1，这意味着它们更相似。如何将图中的值更改为 1？

Answer 1

TBH，我不确定你在追求什么：这是否是关于如何绘制热图？或者如何“手动”计算余弦相异矩阵？无论哪种方式，这里都是一个使用一些示例数据的完整示例。

# Function to calculate cosine dissimilarity matrix
# Thanks to: https://stats.stackexchange.com/a/149865/121489
cos.sim <- function(ma, mb) {
    mat <- tcrossprod(ma, mb);
    t1 <- sqrt(apply(ma, 1, crossprod));
    t2 <- sqrt(apply(mb, 1, crossprod));
    return(mat / outer(t1, t2));
}

# Generate sample data
set.seed(2017);
x1 <- matrix(rnorm(45), ncol = 5);

# Calculate the cosine dissimilarity matrix
m <- cos.sim(x1, x1);

# Show heatmap
library(tidyverse);
m %>%
    as_tibble() %>%
    rownames_to_column("x1") %>%
    gather(x2, value, 2:10) %>%
    mutate(x2 = gsub("V", "", x2)) %>%
    ggplot(aes(x1, x2)) + geom_tile(aes(fill = value));

注意热图中

m

的第 1 个对角线。