将软件包安装到R中

问题描述 投票：14回答：4

出于某种原因，我突然无法在R中安装软件包（我随后更新到最新版本的R并运行Windows 7）。例如，如果我输入：

install.packages('beeswarm')

将软件包安装到'D：/ Rlibs'中（因为'lib'未指定）---请选择一个CRAN镜像用于此会话---尝试URL'http://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.0/beeswarm_0.1.5.zip'内容类型'text / html'长度未知打开的URL已下载1859个字节

read.dcf中出错（file.path（pkgname，“DESCRIPTION”），c（“Package”，“Type”））：无法打开连接另外：警告消息：1：解压缩（zipname，exdir = dest） ：从zip文件2中提取错误1：在read.dcf（file.path（pkgname，“DESCRIPTION”），c（“包”，“类型”））：无法打开压缩文件'beeswarm / DESCRIPTION'，可能的原因'没有相应的文件和目录'

我已经读过在Windows 7中对写入某些文件夹等的权限可能存在重要限制。所以我已经花了一些时间在我的计算机的非默认区域安装R和库文件夹，并允许自己拥有权利某些文件夹，但无济于事。当我输入时，可能也很重要：

.libPaths()

# [1] "D:/Rlibs"                                             
# [2] "C:/Users/L.Halsey/Documents/R/win-library/3.0"        
# [3] "C:/Users/L.Halsey/Documents/Documents/R-3.0.1/library"

我创建了几个文件夹，试图创建一个我可以成功安装库并将其设置为R使用“开始”按钮中的“环境变量”进行识别的文件夹。我不知道如何删除它们中的任何一个 - 不确定这是否与我现在因某些原因无法安装/更新软件包的整体问题相关。

r install package cran
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报告的错误是无法打开连接。在Windows中是often a firewall problem and is in the Windows R FAQ。通常的第一次尝试应该是运行internet2.dll。从控制台会话中，您可以使用：

setInternet2(TRUE)

（你认为这不是由于你的库设置是正确的。错误没有说明权限。）我不认为只输入.libPaths应该返回该字符向量，因为在我的机器上我需要输入.libPaths()来查看类似的东西那。如果要减少库的位数，可以使用.libPaths函数来设置值。这将选择现有路径的第二和第三

 .libPaths( .libPaths()[2:3] )

内部调用检索路径向量，外部调用将其设置为减少的向量。

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我可能会在stackoverflow上复制很多其他答案，但是我得到了与OP完全相同的错误，即：Warning messages: 1: In unzip(zipname, exdir = dest) : error 1 in extracting from zip file 2: In read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) : cannot open compressed file 'zoo/DESCRIPTION', probable reason 'No such file or directory'

事实证明，虽然我作为用户有权在某个目录中写入，但R没有。为了确保您没有类似的东西，请执行以下操作：

  1. 得到一个USB驱动器，让我们把它命名为E.
  2. 将软件包源代码下载为.zip文件并将其存储在某个目录中的usb-drive中，我们将其命名为E：/ source
  3. 在usb驱动器上为库创建目录，我们将其命名为E：/ libs
  4. 从R控制台安装调用R命令install.package的软件包，并将所有相关目录设置为指向您的USB驱动器： （这里我以包动物园为例） install.packages("E:/source/zoo_1.7-12.zip", destdir = 'E:/source', # no "/" after the path lib = 'E:/libs', repos = NULL)
  5. 从安装它的目录中加载包： library('zoo', lib.loc = 'E:/libs')

在您确定之后，它会以这种方式在您的USB驱动器上运行，您可以开始解析目录权限，并通过更改上面代码中的路径来尝试。

更新：在某些Windows环境中，甚至您的usb-stick也可能受到R的读写保护。确保使用您正在使用的计算机检查权限。

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以管理员身份运行RStudio为我修复了它！

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以下为我工作（基于上面的答案）

install.packages("clustvarsel", lib = "C:/Users/dnentchev/My Programs/R-3.2.2/library")
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