如何根据R中的p值从摘要数据中提取SNP列表？ [重复]

Question

这个问题在这里已有答案：

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我有一个GWAS数据汇总结果，其中包含以下信息，并希望根据R中的p值提取前120个SNP的列表。数据有以下七个标题：

SNPName    n_samplesize    A1Allele    A2Allele    beta     SE      p_value

代码通过dplyr：

    library(dplyr)
    dat <- read.csv(file.choose(MetaAnalysis_Results))
    dat2 <- dat %>% arrange("p_value")

排序时发生错误

更新：将.csv转换为.txt文件后，这对我有用

    attach(MetaAnalysis_Results)
    mydata <- MetaAnalysis_Results
    new <- mydata[order(p_value),]

Answer 1

最简单的方法是使用dplyr。如果不存在则安装它

install.packages("dplyr")

    library(dplyr)
    dat <- read.csv(file.choose())

    #Make sure the data is imported
    head(dat)

    dat <- dat %>% arrange("p_values")
    dat2 <- dat[1:120,]
    write.csv(dat2)